| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,386,589 | A→T | 5.2% | intergenic (‑130/‑32) | USA300HOU_RS12250 ← / → USA300HOU_RS12255 | hypothetical protein/putative HTH‑type transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,386,589 | 0 | A | T | 5.2% | 706.1 / 16.1 | 208 | intergenic (‑130/‑32) | USA300HOU_RS12250/USA300HOU_RS12255 | hypothetical protein/putative HTH‑type transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (90/107); new base T (9/2); total (99/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
AAAGTATAATTATTTTTGCTCTTAATAATTATATATTGATTTCTAATTGCTCCCGTTTTATAATTACTATTGTTGTAAAAAGGTTAGCTAAGCTAACTATTTTGTCTTAGGAGATGTCACTATGCTATCACAAGAATTTTTCAATAGTTTTATAACAATATATCGCCCCTATTTAAAATT > USA300TCH1516_ALE/2386500‑2386679 | aaaGTATAATTATTTTTGCTCTTAATAATTATATATTGATTTCTAATTGCTCCCGTTTTATAATTACTATTGTTGTAAAAAGGTTagctaa < 2:2845345/91‑1 (MQ=255) aGTATAATTATTTTTGCTCTTAATAATTATATATTGATTTCTAATTGCTCCCGTTTTATAATTACTATTGTTGTAAAAAGGttagcttagc < 2:2643653/91‑1 (MQ=255) aGTATAATTATTTTTGCTCTTAATAATTATATATTGATTTCTAATTGCTCCCGTTTTATAATTACTATTGTTGTAAAAAGGttagcttagc < 1:3043847/91‑1 (MQ=255) gTATAATTATTTTTGCTCTTAATAATTATATATTGATTTCTAATTGCTCCCGTTTTATAATTACTATTGTTGTAAAAAGGTtagcttagct < 1:1798016/91‑1 (MQ=255) gTATAATTATTTTTGCTCTTAATAATTATATATTGATTTCTAATTGCTCCCGTTTTATAATTACTATTGTTGTAAAAAGGTTagctaagct < 1:3138636/91‑1 (MQ=255) tataATTATTTTTGCTCTTAATAATTATATATTGATTTCTAATTGCTCCCGTTTTATAATTACTATTGTTGTAAAAAGGTTagcttagcta < 1:2441345/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |