| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,399,039 | A→G | 10.9% | intergenic (+113/+59) | fdhD → / ← USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,399,039 | 0 | A | G | 10.9% | 642.9 / 49.7 | 219 | intergenic (+113/+59) | fdhD/USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (111/84); new base G (11/13); total (122/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
AATGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATATTTGA > USA300TCH1516_ALE/2398949‑2399128 | aaTGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGa < 2:2105295/91‑1 (MQ=255)aaTGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGa < 1:3106455/91‑1 (MQ=255)aaTGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGa > 1:2442935/1‑91 (MQ=255)aaTGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGa < 1:1804209/91‑1 (MQ=255)aaTGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGa < 2:1173495/91‑1 (MQ=255) aTGAACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGAt > 2:3235763/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |