| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,399,044 | T→G | 10.4% | intergenic (+118/+54) | fdhD → / ← USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,399,044 | 0 | T | G | 10.4% | 710.0 / 58.3 | 221 | intergenic (+118/+54) | fdhD/USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (108/89); new base G (11/12); total (120/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
ACGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATATTTGATAACAA > USA300TCH1516_ALE/2398954‑2399134 | aCGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCt > 2:2101116/1‑91 (MQ=255)aCGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCt > 2:3026691/1‑91 (MQ=255)aCGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCt > 1:567031/1‑91 (MQ=255) cGATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTa > 1:662965/1‑91 (MQ=255) gATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAACTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTAc > 2:492799/1‑91 (MQ=255) atatTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACt < 2:835610/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |