| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,399,046 | C→G | 10.4% | intergenic (+120/+52) | fdhD → / ← USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,399,046 | 0 | C | G | 10.4% | 733.3 / 55.5 | 220 | intergenic (+120/+52) | fdhD/USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (104/93); new base G (11/12); total (115/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
GATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATATTTGATAACAAA > USA300TCH1516_ALE/2398956‑2399135 | gATATTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAACTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTAc > 2:492799/1‑91 (MQ=255) atatTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACt < 2:835610/91‑1 (MQ=255) atatTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACt < 2:1497338/91‑1 (MQ=255) tatTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTc > 1:1469505/1‑91 (MQ=255) tatTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTc > 1:3489068/1‑91 (MQ=255) tatTCTACATGAATCAACAATTTAAACGCACGATTTTTATAAGTGTAAGTAGCGCAATACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTc < 1:3094473/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |