| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,399,053 | C→T | 11.2% | intergenic (+127/+45) | fdhD → / ← USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,399,053 | 0 | C | T | 11.2% | 653.2 / 48.1 | 213 | intergenic (+127/+45) | fdhD/USA300HOU_RS12350 | Sulfurtransferase FdhD/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (98/91); new base T (11/13); total (109/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGCTTACTGCTTTTTTATTCTAATACAAACCTATCATCAATCGTTAATTTCCAATATCTTCTTTTAATATTTGATAACAAAACGATTGA > USA300TCH1516_ALE/2398963‑2399143 | tACATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAAc > 2:2722433/1‑91 (MQ=255) aCATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAAcc > 1:3388206/1‑91 (MQ=255) aCATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAAcc < 2:1162542/91‑1 (MQ=255) aCAGGAATCAACGATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAATCAATTTAATGAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAAcc < 1:1114982/91‑1 (MQ=255) cATGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCa > 2:853406/1‑91 (MQ=255) tGAATCAACAATTTAAACGCACTATTTTTATAAGTATAAGTAGCTCAAAACAATTTAAAAAGCAGTAAGTTGATTTCTACTCGAAACCAGc > 2:2226375/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |