| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,424,609 | C→T | 6.8% | intergenic (‑167/+61) | USA300HOU_RS12490 ← / ← USA300HOU_RS12495 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,424,609 | 0 | C | T | 6.8% | 748.8 / 24.6 | 248 | intergenic (‑167/+61) | USA300HOU_RS12490/USA300HOU_RS12495 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (118/110); new base T (14/4); total (133/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CTGTCGATGATTGATTCACAATAGCACGTGATTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACAAAAATTAAAAAAAGTGCTCCTACACTGCTTGCATGTAGAAACACTTTTTCATTGTAATGTTATTCTTCTCGAGACATACCTTTTAGC > USA300TCH1516_ALE/2424519‑2424697 | tGTCGATGATTGATTCACAATAGCACGTGATTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACa < 1:3068351/91‑1 (MQ=255) tGTCGATGATTGATTCACAATAGCACGTGATTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACa < 1:3068605/91‑1 (MQ=255) tGTCGATGATTGATTCACAATAGCACGTGATTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACa < 2:586250/91‑1 (MQ=255) gTCGATGATTGATTCACAATAGCACGTGATTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACaa > 2:1889922/1‑91 (MQ=255) tCGATGATTGATTCACAATAGCACGTGATTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCTATCAAACACACCCTTTTTATTTTTTATaaa > 1:1245664/1‑91 (MQ=255) gatgatTGATTCACAATAGCACGTGATTTTTTTGTTTTTCAATATTATTCATTTATTCCATCAAAAACACCCTTTTTAATTTTTACaaaaa < 1:3425509/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |