| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,432,243 | A→T | 8.9% | intergenic (+590/+57) | birA_2 → / ← USA300HOU_RS12525 | Bifunctional ligase/repressor BirA/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,432,243 | 0 | A | T | 8.9% | 657.0 / 38.6 | 199 | intergenic (+590/+57) | birA_2/USA300HOU_RS12525 | Bifunctional ligase/repressor BirA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (88/93); new base T (5/13); total (93/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
GTGAATCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTAATGTCCCGACCTCTTTATCTACGCATAAATACTTATTACTGATATAACGAAA > USA300TCH1516_ALE/2432153‑2432333 | gTGAATCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAaataa < 1:1683953/91‑1 (MQ=255) aaTCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaatta < 1:2607100/91‑1 (MQ=255) aaTCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaatta < 1:475902/91‑1 (MQ=255) aaTCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaatta > 1:1969634/1‑91 (MQ=255) aTCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaattaa < 1:2659424/91‑1 (MQ=255) tCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaattaat < 1:435218/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |