Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,432,246 | A→G | 8.9% | intergenic (+593/+54) | birA_2 → / ← USA300HOU_RS12525 | Bifunctional ligase/repressor BirA/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,432,246 | 0 | A | G | 8.9% | 601.6 / 33.9 | 199 | intergenic (+593/+54) | birA_2/USA300HOU_RS12525 | Bifunctional ligase/repressor BirA/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (88/93); new base G (5/13); total (93/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
AATCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTAATGTCCCGACCTCTTTATCTACGCATAAATACTTATTACTGATATAACGAAAGA > USA300TCH1516_ALE/2432156‑2432335 | aaTCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaatta > 1:1969634/1‑91 (MQ=255) aaTCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaatta < 1:2607100/91‑1 (MQ=255) aaTCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaatta < 1:475902/91‑1 (MQ=255) aTCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaattaa < 1:2659424/91‑1 (MQ=255) tCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaattaat > 1:165032/1‑91 (MQ=255) tCCTAATACTGATGCGCTAATTGAATCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaattaat < 1:435218/91‑1 (MQ=255) 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aaTCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGcc > 2:896527/1‑91 (MQ=255) aaTCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGcc < 2:2780405/91‑1 (MQ=255) aTCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCt > 1:2109141/1‑91 (MQ=255) aTCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCt < 1:789552/91‑1 (MQ=255) tCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTa > 2:1902088/1‑91 (MQ=255) tCTTTATTTATTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTa < 1:1395120/91‑1 (MQ=255) ttatttatTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTGTCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTaaaa < 1:611043/91‑1 (MQ=255) ttatttatTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTaaaa > 1:1324582/1‑91 (MQ=255) ttatttatTCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTaaaa < 1:2516682/91‑1 (MQ=255) tatttattCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTaaaaa > 2:2911516/1‑91 (MQ=255) atttattCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAAc > 1:3394389/1‑91 (MQ=255) atttattCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAAc < 1:978717/91‑1 (MQ=255) tattCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTa < 2:1557876/91‑1 (MQ=255) attCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTaa > 1:2673554/1‑91 (MQ=255) attCAGTTTCAGAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGGAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTaa < 2:2966952/91‑1 (MQ=255) ttCAGTTTCATAATAAAATGCATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTCATTGCCTAAAAACTTAAt > 1:1460255/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |