| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,448,484 | A→G | 7.9% | intergenic (‑243/+34) | yxeP_4 ← / ← hutI | putative hydrolase YxeP/Imidazolonepropionase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,448,484 | 0 | A | G | 7.9% | 776.9 / 39.3 | 251 | intergenic (‑243/+34) | yxeP_4/hutI | putative hydrolase YxeP/Imidazolonepropionase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (117/113); new base G (13/7); total (131/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
AACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTT > USA300TCH1516_ALE/2448394‑2448574 | aCTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAg > 1:3144843/1‑91 (MQ=255) cTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGt < 2:3006530/91‑1 (MQ=255) cTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGt > 1:2450750/1‑91 (MQ=255) tATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGtt > 2:2051920/1‑91 (MQ=255) tATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGtt < 1:3810943/91‑1 (MQ=255) tATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGtt > 2:1575102/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |