Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,448,493 | C→T | 9.9% | intergenic (‑252/+25) | yxeP_4 ← / ← hutI | putative hydrolase YxeP/Imidazolonepropionase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,448,493 | 0 | C | T | 9.9% | 740.8 / 48.9 | 242 | intergenic (‑252/+25) | yxeP_4/hutI | putative hydrolase YxeP/Imidazolonepropionase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (104/113); new base T (18/6); total (123/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.66e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.93e-01 |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
AACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTG > USA300TCH1516_ALE/2448403‑2448583 | aaCTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAAcc < 1:2294578/91‑1 (MQ=255) aaCTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAAcc < 1:2293933/91‑1 (MQ=255) aaCTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAAcc < 1:2287147/91‑1 (MQ=255) aaCTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAAcc > 2:2593999/1‑91 (MQ=255) aCTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCa > 2:1089886/1‑91 (MQ=255) cTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCaa < 1:943319/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |