Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,448,498 | C→T | 9.0% | intergenic (‑257/+20) | yxeP_4 ← / ← hutI | putative hydrolase YxeP/Imidazolonepropionase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,448,498 | 0 | C | T | 9.0% | 769.7 / 44.3 | 245 | intergenic (‑257/+20) | yxeP_4/hutI | putative hydrolase YxeP/Imidazolonepropionase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (104/119); new base T (17/5); total (121/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01 |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
TTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGA > USA300TCH1516_ALE/2448408‑2448588 | ttATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGc > 1:227616/1‑91 (MQ=255) ttATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGc > 1:186425/1‑91 (MQ=255) ttATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGc < 2:3258441/91‑1 (MQ=255) tataATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCt < 2:615869/91‑1 (MQ=255) tataATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCt < 2:3420911/91‑1 (MQ=255) ataATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCtt > 2:784570/1‑91 (MQ=255) ataATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCtt > 2:257396/1‑91 (MQ=255) taATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTa > 2:2428464/1‑91 (MQ=255) taATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTa > 2:3454643/1‑91 (MQ=255) aaTTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTag < 2:2852872/91‑1 (MQ=255) aaTTGAGACTCTATACAAAAACCTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAGCATTGGTTTAAACTAATGTTTag < 2:2005441/91‑1 (MQ=25) aTTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTaga > 1:1824160/1‑91 (MQ=255) ttGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAGCATTGGTTTAAACTAATGTTTagag < 1:3540524/91‑1 (MQ=25) ttGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTagag < 1:796557/91‑1 (MQ=255) tGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGc > 1:3140217/1‑91 (MQ=255) gagaCTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAGCATTGGTTTAAACTAATGTTTAGAGCt < 2:1014337/91‑1 (MQ=25) aCTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTc > 2:661505/1‑91 (MQ=255) tctATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTa < 2:568084/91‑1 (MQ=255) tctATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTa > 1:1261324/1‑91 (MQ=255) tctATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTa > 2:2482061/1‑91 (MQ=255) tctATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTa > 1:1012434/1‑91 (MQ=255) ctATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTaa < 2:3476398/91‑1 (MQ=255) ctATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTaa > 2:2637985/1‑91 (MQ=255) cAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAattatt > 1:68127/1‑91 (MQ=255) aaaaCGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTAtttt < 2:2131234/91‑1 (MQ=255) aaCGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTAt < 2:1217540/91‑1 (MQ=255) gtgtTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCt > 1:1474889/1‑91 (MQ=255) tgtTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCtt < 1:599488/91‑1 (MQ=255) tgtTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCtt > 2:1353631/1‑91 (MQ=255) tgtTCTCGAATATACTTGTTTTGACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCtt < 2:3122472/91‑1 (MQ=255) ttCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTa < 1:1037294/91‑1 (MQ=255) ttCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTa > 2:1744282/1‑91 (MQ=255) ttCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTa > 1:447940/1‑91 (MQ=255) tcGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTaaaa < 1:1399790/91‑1 (MQ=255) tcGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTaaaa < 1:1399513/91‑1 (MQ=255) gAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGa < 1:368739/91‑1 (MQ=255) gAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGa < 2:1667180/91‑1 (MQ=255) atatACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATa > 1:1686711/1‑91 (MQ=255) atatACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATa < 2:2364319/91‑1 (MQ=255) tataCTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATAc < 1:2801339/91‑1 (MQ=255) ataCTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACt > 1:3048384/1‑91 (MQ=255) ataCTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACt > 2:2039140/1‑91 (MQ=255) ataCTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACt < 1:705579/91‑1 (MQ=255) taCTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACtg > 2:3536700/1‑91 (MQ=255) cTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACtgtg > 2:2154664/1‑91 (MQ=255) cTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACtgtg > 2:2917667/1‑91 (MQ=255) cTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTA‑TTTATGCTTTAAAAGATACTgtgt > 1:100999/1‑91 (MQ=255) tGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGtt < 1:2647176/91‑1 (MQ=255) tGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGtt > 2:2149020/1‑91 (MQ=255) gTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTa > 2:1931238/1‑91 (MQ=255) tttttACATTCTACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTAt > 2:1110986/1‑91 (MQ=255) tttttACAAACCACAAAAAGCTCTACACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTAt < 2:3358033/91‑1 (MQ=255) tttttACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTAt > 2:2569660/1‑91 (MQ=255) tttttACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTAt < 2:715892/91‑1 (MQ=255) tttttACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTAt < 2:1909369/91‑1 (MQ=255) tttttACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACCGTGTTAt > 2:1755868/1‑91 (MQ=255) aCAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACg > 2:891124/1‑91 (MQ=255) aCAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAACTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACg > 2:3631707/1‑91 (MQ=255) cAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGa > 1:3189231/1‑91 (MQ=255) aaCCACAAAAAGCTCGAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTCATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATg > 1:3316969/1‑91 (MQ=255) aCCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGa < 2:2141499/91‑1 (MQ=255) aCCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCGACGATGa > 1:1938510/1‑91 (MQ=255) ccACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGAc < 1:970116/91‑1 (MQ=255) ttagaaaGCTCTAAGCATTGGTTTAAACTAATGTTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCt > 1:3007742/5‑91 (MQ=21) ttagaaaGCTCTAAGCATTGGTTTAAACTAATGTTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCt > 1:1956015/5‑91 (MQ=21) acaAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCt < 1:3267849/91‑1 (MQ=255) acaAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCt < 1:1646399/91‑1 (MQ=255) tagaaaGCTCTAAGCATTGGTTTAAACTAATGTTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCtt > 1:2765355/4‑91 (MQ=21) aaaaaGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTa > 2:528090/1‑91 (MQ=255) aaaaGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTAc < 1:3420390/91‑1 (MQ=255) aaaGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTAcc < 2:3342058/91‑1 (MQ=255) aaaGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTAcc > 2:3236642/1‑91 (MQ=255) aaaGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTAcc < 1:2917667/91‑1 (MQ=255) aGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGt > 1:765921/1‑91 (MQ=255) ctctAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCt > 1:3148107/1‑91 (MQ=255) ctctAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCt > 2:871293/1‑91 (MQ=255) ctctAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCt < 2:2810107/91‑1 (MQ=255) ctctAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCt > 1:659045/1‑91 (MQ=255) ctctAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCt > 1:3378649/1‑91 (MQ=255) aaaCATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTtaa < 2:376428/91‑1 (MQ=255) aaaCATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTtaa > 2:3632213/1‑91 (MQ=255) aaaCATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTtaa < 1:3792293/91‑1 (MQ=255) agcATTGGTTTAAACTAATGTTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTtaat > 2:3692303/3‑91 (MQ=38) aaCATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTtaat < 2:3202497/91‑1 (MQ=255) aTTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAAc < 1:3217834/91‑1 (MQ=255) aTTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAAc < 1:271323/91‑1 (MQ=255) ttggTTTAAACTAATGTTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACt > 2:854780/4‑91 (MQ=38) tggTTTAAACTAATGTTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACtt > 2:1367855/3‑91 (MQ=39) aGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACttt < 1:528090/91‑1 (MQ=255) gTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACtttt > 2:1491730/1‑91 (MQ=255) ttAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTc > 1:153544/1‑91 (MQ=255) aaaCCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTg < 2:3140217/91‑1 (MQ=255) aaaCCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTg < 2:1458187/91‑1 (MQ=255) aaCCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGc < 1:1290329/91‑1 (MQ=255) aCCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCg < 2:2485703/91‑1 (MQ=255) ccAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGt < 1:3530236/91‑1 (MQ=255) ccAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGt < 1:3716774/91‑1 (MQ=255) cAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGtg < 1:1089886/91‑1 (MQ=255) gCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGtgattg < 2:1708594/91‑1 (MQ=255) cTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGtgattga < 1:2408994/91‑1 (MQ=255) | TTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGA > USA300TCH1516_ALE/2448408‑2448588 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |