| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,478,130 | T→A | 6.6% | intergenic (+17/‑558) | USA300HOU_RS12760 → / → USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,478,130 | 0 | T | A | 6.6% | 714.7 / 28.2 | 214 | intergenic (+17/‑558) | USA300HOU_RS12760/USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (111/88); new base A (3/11); total (114/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
GATTGTTATTAACGTTATATTGTTCAAGTAGTTGGTTTATATGTCTTTACGCCGCTTTTATTTATAATAGTTAATCCACAAACAAACTATTATTATAGGTTGTTTCTAATATTGCGTCAAACTATCTTTAAATATTCGTTAATCCTTGATTAGACAATTGTTATATTGAAAATAAATAAAC > USA300TCH1516_ALE/2478040‑2478220 | gTTATTAACGTTATATTGTTCAAGTAGTTGGTTTATATGTCTTTACGCCGCTTTTATTTATAATAGTTAATCCACAAACAAACtattatta > 2:1431071/1‑91 (MQ=255) ttattaACGTTATATTGTTCAAGTAGTTGGTTTATATGTCTTTACGCCGCTTTTATTTATAATAGTTAATCCACAAACAAACtattattat < 1:3415710/91‑1 (MQ=255) ttattaACGTTATATTGTTCAAGTAGTTGGTTTATATGTCTTTACGCCGCTTTTATTTATAATAGTTAATCCACAAACAAACtattattat < 1:2538832/91‑1 (MQ=255) tattaACGTTATATTGTTCAAGTAGTTGGTTTATATGTCTTTACGCCGCTTTTATTTATAATAGTTAATCCACAAAGAAACTATTATtata < 2:3296557/91‑1 (MQ=255) tattaACGTTATATTGTTCAAGTAGTTGGTTTATATGTCTTTACGCCGCTTTTATTTATAATAGTTAATCCACAAACAAACTATTATtata < 1:3250215/91‑1 (MQ=255) attaACGTTATATTGTTCAAGTAGTTGGTTTATATGTCTTTACGCCGCTTTTATTTATAATAGTTAATCCACAAACAACCTATAATAATAg < 1:1534613/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |