| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,478,133 | T→A | 6.7% | intergenic (+20/‑555) | USA300HOU_RS12760 → / → USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,478,133 | 0 | T | A | 6.7% | 705.8 / 28.8 | 209 | intergenic (+20/‑555) | USA300HOU_RS12760/USA300HOU_RS12765 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (110/85); new base A (3/11); total (113/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.30e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |