| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,479,047 | A→G | 9.6% | intergenic (+3/+137) | USA300HOU_RS12765 → / ← hrtA_2 | hypothetical protein/Putative hemin import ATP‑binding protein HrtA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,479,047 | 0 | A | G | 9.6% | 560.7 / 38.4 | 187 | intergenic (+3/+137) | USA300HOU_RS12765/hrtA_2 | hypothetical protein/Putative hemin import ATP‑binding protein HrtA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (81/88); new base G (10/8); total (91/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
TGGTTTTAAACGTGACTTCAAGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAATAATTAATAGAAATCAGCTTTTTTACATTGCCTAAGAACTTAATGTCCCAGCCTGTTTTTTGTAAACCCAAATCGTATTCTGTTATCTAACTTTTA > USA300TCH1516_ALE/2478957‑2479137 | tGGTTTTAAACGTGACTTCAAGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaatta > 2:468294/1‑91 (MQ=255)tGGTTTTAAACGTGACTTCAAGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaatta > 2:1197126/1‑91 (MQ=255) ggTTTTAAACGTGACTTCAAGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaattaa < 2:2768511/91‑1 (MQ=255) ggTTTTAAACGTGACTTCAAGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaattaa < 1:1803343/91‑1 (MQ=255) ggTTTTAAACGTGACTTCAAGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaattaa < 1:17918/91‑1 (MQ=255) gTTTTAAACGTGACTTCAAGCTATATGAATGCAACGAGCTGTACATTATAAAATACATATCAAAAAAGCTGATTTCTATCAAAtaattaat > 1:260695/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |