| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 134,187 | G→A | 8.2% | intergenic (‑60/‑171) | yfiY ← / → sbnA | putative siderophore‑binding lipoprotein YfiY/putative siderophore biosynthesis protein SbnA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 134,187 | 0 | G | A | 8.2% | 638.1 / 30.4 | 207 | intergenic (‑60/‑171) | yfiY/sbnA | putative siderophore‑binding lipoprotein YfiY/putative siderophore biosynthesis protein SbnA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (100/90); new base A (11/6); total (111/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
TAACAACAAGCATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATAAAAAATATAATCC > USA300TCH1516_ALE/134097‑134277 | tAACAACAAGCATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATg > 2:3493886/1‑91 (MQ=255) aacaacAAGCATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGa > 2:1341502/1‑91 (MQ=255) acaacaAGCATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGaa > 2:1677707/1‑91 (MQ=255) caacaaGCATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAAt > 1:1257417/1‑91 (MQ=255) aacaaGCATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACTATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAAtt < 2:3808739/91‑1 (MQ=255) aacaaGCATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAAtt > 1:2781244/1‑91 (MQ=255) aacaaGCATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAAtt < 1:2165580/91‑1 (MQ=255) aacaaGCATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAAtt > 2:3735260/1‑91 (MQ=255) acaaGCATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTa < 1:569387/91‑1 (MQ=255) acaaGCATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATAAATTa < 2:1279550/91‑1 (MQ=255) aaGCATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTaaa < 2:2162077/91‑1 (MQ=255) aGCATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAAt > 1:3676275/1‑91 (MQ=255) aGCATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTACCCTCCTTCGTGACGTATGACAATGATACTCATTATCACGATTTAGTAtaaattaaat > 1:3103072/1‑91 (MQ=255) cATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAAttt > 2:2370247/1‑91 (MQ=255) aTTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAAtttt < 2:1352252/91‑1 (MQ=255) aTTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAAtttt < 2:468157/91‑1 (MQ=255) aTTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAAtttt < 1:2509000/91‑1 (MQ=255) aTTTTAATTACTTTATGCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAAtttt < 2:2973217/91‑1 (MQ=255) ttttAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAAttttt > 1:1164938/1‑91 (MQ=255) tttAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAAtttttt > 1:3067050/1‑91 (MQ=255) ttAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTc < 1:2403673/91‑1 (MQ=255) aaTTTCTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTTATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCt < 2:3164355/91‑1 (MQ=255) aCTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGt > 2:3628991/1‑91 (MQ=255) tATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAAt < 2:901503/91‑1 (MQ=255) aTTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATa < 2:2699606/91‑1 (MQ=255) tCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATaaa > 2:1533973/1‑91 (MQ=255) tGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAatat > 1:920233/1‑91 (MQ=255) tGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAatat > 1:2316181/1‑91 (MQ=255) tGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAatat > 2:3790820/1‑91 (MQ=255) tGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATAAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAatat < 2:476681/91‑1 (MQ=255) aCTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATAttt < 2:2266099/91‑1 (MQ=255) aCTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATAttt < 2:451899/91‑1 (MQ=255) aTTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGa < 1:106538/91‑1 (MQ=255) aTTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGa < 1:2001939/91‑1 (MQ=255) ttAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGAt > 2:2222918/1‑91 (MQ=255) ttAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGAt > 2:345334/1‑91 (MQ=255) ttAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATAAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGAt > 2:363062/1‑91 (MQ=255) tAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGAtt > 2:1729930/1‑91 (MQ=255) aGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGAttt > 1:2891091/1‑91 (MQ=255) aGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATAAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGAttt > 2:3296640/1‑91 (MQ=255) gCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTa > 2:2591394/1‑91 (MQ=255) gCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATAAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTa > 2:1331450/1‑91 (MQ=255) cctcctTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTAc > 1:3221892/1‑91 (MQ=255) cctcctTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTAc > 2:2971501/1‑91 (MQ=255) tcctTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACAt < 2:2804838/91‑1 (MQ=255) cctTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATg < 1:3176253/91‑1 (MQ=255) ctTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGc > 1:142137/1‑91 (MQ=255) ctTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGc < 2:2858455/91‑1 (MQ=255) ctTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATAAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGc > 1:3474044/1‑91 (MQ=255) tCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCaa < 2:2578653/91‑1 (MQ=255) cGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAAc > 1:2901652/1‑91 (MQ=255) gTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAAcg > 2:3854359/1‑90 (MQ=255) gTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAAca < 2:1747021/91‑2 (MQ=255) gTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACt > 1:2008809/1‑91 (MQ=255) gTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACt > 2:402834/1‑91 (MQ=255) tGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACtt > 1:848215/1‑91 (MQ=255) gATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTta < 2:3192697/91‑1 (MQ=255) gATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTta < 2:352239/91‑1 (MQ=255) aTGTATGACAATGAGAATCTTTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTCTGATTTACATGCAACTtat > 1:771049/1‑91 (MQ=255) aTGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTtat > 2:1932001/1‑91 (MQ=255) aTGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTtat > 2:546285/1‑91 (MQ=255) gTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATaa < 2:2477777/91‑1 (MQ=255) gTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATaa < 1:1926288/91‑1 (MQ=255) aTGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAatt > 1:3370045/1‑91 (MQ=255) aTGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAatt < 1:664342/91‑1 (MQ=255) aTGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATAAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAatt > 2:163297/1‑91 (MQ=255) tGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAatta > 1:1976746/1‑91 (MQ=255) aCAATGAGAATCGTTATCACGATTTAGTATAAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAattatt > 1:2967976/1‑91 (MQ=255) cAATGAGAATCATTATCACGGTTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTAttt > 2:1952119/1‑91 (MQ=255) tGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGAc < 2:3115519/91‑1 (MQ=255) agaATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACat < 1:3500180/91‑1 (MQ=255) agaATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACat < 1:3243678/91‑1 (MQ=255) ttctCATTGTCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACata > 1:2022704/4‑91 (MQ=255) gaATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACata > 2:1181619/1‑91 (MQ=255) gaATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACata < 2:1068809/91‑1 (MQ=255) aaTCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACatat > 1:2499496/1‑91 (MQ=255) tCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATaa < 2:2844709/91‑1 (MQ=255) aTTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAAt < 2:2769057/91‑1 (MQ=255) aTTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACAGATAAAt > 1:1319/1‑91 (MQ=255) ttATCACGATTTAGTATAAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATg < 1:176609/91‑1 (MQ=255) tCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCAt > 2:3268857/1‑91 (MQ=255) cACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATa > 2:495641/1‑91 (MQ=255) cGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATaaa > 1:1019141/1‑91 (MQ=255) cGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATaaa > 2:1798144/1‑91 (MQ=255) aTTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATaaaaa > 1:1602104/1‑91 (MQ=255) aTTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATaaaaa > 1:1120776/1‑91 (MQ=255) tttAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATaaaaaa < 1:2591394/91‑1 (MQ=255) tttAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATaaaaaa > 1:2637746/1‑91 (MQ=255) tttAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATaaaaaa < 1:2823445/91‑1 (MQ=255) tttAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATaaaaaa > 2:1503795/1‑91 (MQ=255) tttAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAAGATTTATGATTTACATGCAACTTATAATGATTTGACATATAAATGCATgaaaaa > 1:3610343/1‑91 (MQ=255) tAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATAAAAAata > 1:698864/1‑91 (MQ=255) aGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATAAAAAatat > 2:2137918/1‑91 (MQ=255) gTATAAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATAAAAAAtata < 2:780335/91‑1 (MQ=255) tATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATAAAAAATATaa > 1:1220611/1‑91 (MQ=255) tATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATAAAAAATATaa > 2:3659150/1‑91 (MQ=255) tATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATAAAAAATATaa > 2:226100/1‑91 (MQ=255) aTGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATAAAAAATATAAt > 1:2251136/1‑91 (MQ=255) tGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATAAAAAATATAATc > 1:453745/1‑91 (MQ=255) gAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATAAAAAATATAATcc < 1:3785626/91‑1 (MQ=255) | TAACAACAAGCATTTTAATTACTTTATTCATTGACTAATTAGCCTCCTTCGTGATGTATGACAATGAGAATCATTATCACGATTTAGTATGAATTAAATTTTTTCCTAAGTCAATAAAATATTTATGATTTACATGCAACTTATAATTATTTGACATATAAATGCATAAAAAATATAATCC > USA300TCH1516_ALE/134097‑134277 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |