Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,503,398 | G→A | 5.4% | G641D (GGT→GAT) | melR_2 → | Melibiose operon regulatory protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,503,398 | 0 | G | A | 5.4% | 743.5 / 18.6 | 222 | G641D (GGT→GAT) | melR_2 | Melibiose operon regulatory protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (112/98); new base A (7/5); total (119/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
TATGTCAGACGTAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAACGAATTACCCTAA > USA300TCH1516_ALE/2503309‑2503488 | tatGTCAGACGTAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGt < 1:2203109/91‑1 (MQ=255) tatGTCAGACGTAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGt < 2:772507/91‑1 (MQ=255) atGTCAGACGTAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGtt > 1:469205/1‑91 (MQ=255) gTCAGACGTAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGttca > 1:2511700/1‑91 (MQ=255) cAGACGTAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGttcaat < 2:2266544/91‑1 (MQ=255) cAGACGTAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGttcaat > 1:3355060/1‑91 (MQ=255) aGACGTAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAACCATGTTCATGAttcaatg < 1:2612331/91‑2 (MQ=38) gACGTAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAACCATGTTCATGAttcaatgt < 2:2454412/91‑3 (MQ=38) aCGTAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGgttcagttca > 1:3234755/1‑91 (MQ=255) gTAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAAc < 1:1218034/91‑1 (MQ=255) gTAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAAc < 1:1218182/91‑1 (MQ=255) tAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAAGATGGTTCAATTCAACa > 2:3706066/1‑91 (MQ=255) tAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACa < 1:368446/91‑1 (MQ=255) tAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATCATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACa < 2:355165/91‑1 (MQ=255) aaaaCAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACAt > 2:1630829/1‑91 (MQ=255) aaaaCAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACAt < 1:1197132/91‑1 (MQ=255) aaaaCAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACAt > 1:1066128/1‑91 (MQ=255) aaaaCAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATAATGAACATGGTTCAATTCAACAt > 2:2967983/1‑91 (MQ=255) aaaCAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACAtt < 2:2703/91‑1 (MQ=255) cAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGc > 1:41478/1‑91 (MQ=255) aaGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCt < 2:2056082/91‑1 (MQ=255) aaGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCt < 2:3011541/91‑1 (MQ=255) aaGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCt > 2:2656045/1‑91 (MQ=255) aaGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCt < 1:951534/91‑1 (MQ=255) aaGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCt < 2:2760813/91‑1 (MQ=255) aaGATTTCATTTACCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCt > 1:2995457/1‑91 (MQ=255) aGATTTCGTTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCtt < 1:1948104/91‑1 (MQ=255) tttCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCa < 2:315985/91‑1 (MQ=255) tttCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCa > 1:1089916/1‑91 (MQ=255) ttCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGttca > 2:2565310/1‑72 (MQ=255) ttCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCaa > 2:3534579/1‑91 (MQ=255) tCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAAt > 2:1486379/1‑91 (MQ=255) cATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATa > 2:3715921/1‑91 (MQ=255) cATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATa < 1:668753/91‑1 (MQ=255) cATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATa > 1:2573290/1‑91 (MQ=255) aTTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATaa > 2:3499354/1‑91 (MQ=255) ttttCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAg > 2:1760318/1‑91 (MQ=255) tttCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGc > 1:1673635/1‑91 (MQ=255) tCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGa < 1:3809892/91‑1 (MQ=255) cATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATc < 2:905711/91‑1 (MQ=255) cATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATc < 1:1127060/91‑1 (MQ=255) cATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATc < 2:1950573/91‑1 (MQ=255) tAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCaa > 2:2554864/1‑91 (MQ=255) tAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCaa < 1:3457002/91‑1 (MQ=255) tAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCaa < 1:328189/91‑1 (MQ=255) aaTGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAAc < 1:3757279/91‑1 (MQ=255) aaTGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAAc < 1:2428849/91‑1 (MQ=255) tGAATTACCTCGAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACtt < 2:1375993/91‑1 (MQ=255) gAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTg < 2:2963026/91‑1 (MQ=255) gAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTg < 1:2513602/91‑1 (MQ=255) aaTTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGt > 2:2172393/1‑91 (MQ=255) ccTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTtata < 2:408496/91‑1 (MQ=255) tCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTtatata > 2:2479466/1‑91 (MQ=255) aaGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGa < 1:625773/91‑1 (MQ=255) aGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGaa > 1:3066486/1‑91 (MQ=255) aGACTCTGTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATCGaa < 2:3439334/91‑1 (MQ=255) gACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGaaa < 2:930792/91‑1 (MQ=255) gACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGaaa < 1:408305/91‑1 (MQ=255) aCTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGaaaa < 2:1139808/91‑1 (MQ=255) aCTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGaaaa > 1:2130434/1‑91 (MQ=255) aCTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTCATATAGaaaa < 1:1882073/91‑1 (MQ=255) tctTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAg > 1:1285168/1‑91 (MQ=255) tttGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGaa > 2:3213476/1‑91 (MQ=255) tgatgaTTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAGGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGaaaa > 2:3853600/1‑90 (MQ=255) tgatgaTTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAAt > 2:1510769/1‑91 (MQ=255) gatgatTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAAtt > 2:2875807/1‑91 (MQ=255) atgatTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAAttt > 2:945414/1‑91 (MQ=255) atgatTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAAttt > 2:3859585/1‑91 (MQ=255) atgatTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAAttt < 1:2124343/91‑1 (MQ=255) tgatTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAAtttt > 2:708321/1‑91 (MQ=255) gatTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTa > 2:2370413/1‑91 (MQ=255) ttattaAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGa < 1:2883315/91‑1 (MQ=255) ttattaAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGa < 2:1337128/91‑1 (MQ=255) tattaAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGAt > 1:2012559/1‑91 (MQ=255) ttaAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGa > 1:660326/1‑91 (MQ=255) taAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGaa > 2:1812618/1‑91 (MQ=255) aaaaCATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAAt < 1:1263000/91‑1 (MQ=255) aaaaCATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAAt > 2:1277422/1‑91 (MQ=255) aCATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAg > 1:1009689/1‑91 (MQ=255) aTTGAACCATGTTCATGATTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGAc > 1:2553071/1‑91 (MQ=38) tGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACaa > 1:3863190/1‑91 (MQ=255) gAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACaaa > 1:855975/1‑91 (MQ=255) gAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACaaa > 2:3022415/1‑91 (MQ=255) aTCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAAc > 1:2266981/1‑91 (MQ=255) aTCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAAc > 1:1583599/1‑91 (MQ=255) aTCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAAc > 2:3834338/1‑91 (MQ=255) aTCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAAc > 2:2139807/1‑91 (MQ=255) cATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAACGa > 1:497118/1‑91 (MQ=255) gAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAACGAAtt > 1:184245/1‑91 (MQ=255) ttcATGATTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAACGAATTa > 1:1725798/3‑91 (MQ=255) aaCATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAACGAATTa > 2:3652307/1‑91 (MQ=255) aCATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAACGAATTAc > 2:2569891/1‑91 (MQ=255) aCATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAACGAATTAc < 2:3285370/91‑1 (MQ=255) cATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAACGAATTAcc > 1:1853987/1‑91 (MQ=255) cATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAACGAATTAcc < 2:2288554/91‑1 (MQ=255) cATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAACGAATTAcc > 2:1576122/1‑91 (MQ=255) ggTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAACGAATTACCCTa < 2:465493/91‑1 (MQ=255) gTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAACGAATTACCCTaa > 2:2501246/1‑91 (MQ=255) gTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAACGAATTACCCTaa > 1:385477/1‑91 (MQ=255) gTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAACGAATTACCCTaa > 1:146555/1‑91 (MQ=255) | TATGTCAGACGTAAAACAAGATTTCATTTTCCATAATGAATTACCTCAAGACTCTTTGATGATTATTAAAACATTGAATCATGAACATGGTTCAATTCAACATTTGCTTCCAATAAGCGATCAACTTGTTTATATAGAAAAAGAAATTTTAGATGAATTAGACAAAACGAATTACCCTAA > USA300TCH1516_ALE/2503309‑2503488 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |