| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,504,989 | T→C | 6.3% | intergenic (+293/+111) | USA300HOU_RS12890 → / ← gltT | hypothetical protein/Proton/sodium‑glutamate symport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,504,989 | 0 | T | C | 6.3% | 750.8 / 13.2 | 289 | intergenic (+293/+111) | USA300HOU_RS12890/gltT | hypothetical protein/Proton/sodium‑glutamate symport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (125/139); new base C (5/16); total (130/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.18e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
TCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTT > USA300TCH1516_ALE/2504899‑2505079 | cGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTc < 1:3510036/91‑1 (MQ=255) cGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTc < 1:426279/91‑1 (MQ=255) gCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAGAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTGCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTcc < 2:409216/91‑1 (MQ=255) gCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTcc > 1:3837345/1‑91 (MQ=255) ccTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTccc > 1:2825735/1‑91 (MQ=255) ccTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTccc > 1:2617719/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |