| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,528,345 | T→C | 5.9% | intergenic (‑144/+42) | USA300TCH1516_02412 ← / ← zinT | hypothetical protein/Metal‑binding protein ZinT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,528,345 | 0 | T | C | 5.9% | 771.0 / 24.2 | 238 | intergenic (‑144/+42) | USA300TCH1516_02412/zinT | hypothetical protein/Metal‑binding protein ZinT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (113/111); new base C (5/9); total (118/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
TATGTTACCAAATCATTTGTTATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAGTAGAGTGTGCAAACCTGTTGAATTAATGCGCTAACATTTCTTCTTTGATTTGGTCTTTATTTAATTTTGA > USA300TCH1516_ALE/2528255‑2528434 | tatGTTACCAAACCATTTGTTATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTAt > 1:2983051/1‑91 (MQ=255) tGTTACCAAATCATTTGTTATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTc < 1:976410/91‑1 (MQ=255) tGTTACCAAATCATTTGTTATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTc < 2:2070359/91‑1 (MQ=255) tGTTACCAAATCATTTGTTATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTc > 2:1432572/1‑91 (MQ=255) gTTACCAAATCATTTGTTATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCa < 2:713595/91‑1 (MQ=255) ccAAATCATTTGTTATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTa < 1:1472525/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |