| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,528,357 | C→T | 6.0% | intergenic (‑156/+30) | USA300TCH1516_02412 ← / ← zinT | hypothetical protein/Metal‑binding protein ZinT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,528,357 | 0 | C | T | 6.0% | 755.5 / 21.8 | 226 | intergenic (‑156/+30) | USA300TCH1516_02412/zinT | hypothetical protein/Metal‑binding protein ZinT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (119/93); new base T (5/9); total (124/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
TCATTTGTTATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAGTAGAGTGTGCAAACCTGTTGAATTAATGCGCTAACATTTCTTCTTTGATTTGGTCTTTATTTAATTTTGAAGGATAATATGTT > USA300TCH1516_ALE/2528267‑2528447 | tCATTTGTTATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAAc > 2:265949/1‑91 (MQ=255) cATTTGTTATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACa > 2:146236/1‑91 (MQ=255) tttGTTATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGt > 2:2309335/1‑91 (MQ=255) ttGTTATGAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGtt < 1:1946192/91‑1 (MQ=255) ttGTTATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGtt > 1:1401985/1‑91 (MQ=255) ttGTTATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGtt < 1:141736/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |