| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,528,364 | G→A | 5.9% | intergenic (‑163/+23) | USA300TCH1516_02412 ← / ← zinT | hypothetical protein/Metal‑binding protein ZinT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,528,364 | 0 | G | A | 5.9% | 711.5 / 18.4 | 211 | intergenic (‑163/+23) | USA300TCH1516_02412/zinT | hypothetical protein/Metal‑binding protein ZinT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (112/86); new base A (5/8); total (117/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TTATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAGTAGAGTGTGCAAACCTGTTGAATTAATGCGCTAACATTTCTTCTTTGATTTGGTCTTTATTTAATTTTGAAGGATAATATGTTGGCCAGT > USA300TCH1516_ALE/2528274‑2528454 | ttATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAg > 2:2386133/1‑91 (MQ=255)ttATAAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAg < 1:2377468/91‑1 (MQ=255) tataAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAGt > 1:3296954/1‑91 (MQ=255) tataAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAGt > 2:2228629/1‑91 (MQ=255) tataAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAGt > 1:3676132/1‑91 (MQ=255) ataAACTATAGTAATATTAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAGTa > 2:2895831/1‑91 (MQ=255) 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ttAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAGTAGAGTGTGCAAACCTGt < 2:2013302/91‑1 (MQ=255) ttAATCATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAGTAGAGTGTGCAAACCTGt < 2:721862/91‑1 (MQ=255) cATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAGTAGAGTGTGCAAACCTGTTGAAt > 2:664152/1‑91 (MQ=255) cATTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAGTAGAGTGTGCAAACCTGTTGAAt > 2:2062504/1‑91 (MQ=255) aTTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAGTAGAGTGTGCAAACCTGTTGAAtt > 2:2604887/1‑91 (MQ=255) aTTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAGTAGAGTGTGCAAACCTGTTGAAtt > 1:2649528/1‑91 (MQ=255) aTTCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAGTAGAGTGTGCAAACCTGTTGAAtt > 1:1043393/1‑91 (MQ=255) tCCCTCTGTTGAAATTGATAACTACGAAATAAAAAACACACTCTATTCAGCTATTAACAGTTGAGTAGAGTGTGCAAACCTGTTGAATTaa > 1:3781936/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |