Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,538,743 | A→T | 6.0% | intergenic (‑257/+70) | gpmA_2 ← / ← fieF | 2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase/Ferrous‑iron efflux pump FieF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,538,743 | 0 | A | T | 6.0% | 805.4 / 27.3 | 238 | intergenic (‑257/+70) | gpmA_2/fieF | 2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase/Ferrous‑iron efflux pump FieF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (89/134); new base T (4/11); total (93/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
TCATAAATGAATCAATAACCACCTAATAACAAATCATATTATACACCTTTGTTCGCTATTTTTCTAAGGTTTAAAAAATATTTTTAGGTAAACCTAAAAATAGATGTAATAAAAACGCCTCCTCAGATATTTATATATCTATGAAGACGTTTAAATACATTATAGATGGTCTGGTTCT > USA300TCH1516_ALE/2538654‑2538831 | tCATAAATGAATCAATAACCACCTAATAACAAATCATATTATACACCTTTGTTCGCTATTTTTCTAAGGTTTAAAAAATATTTTTAGGTaa < 2:2253373/91‑1 (MQ=255) tCATAAATGAATCAATAACCACCTAATAACAAATCATATTATACACCTTTGTTCGCTATTTTTCTAAGGTTTAAAAAATATTTTTAGGTaa > 1:2094860/1‑91 (MQ=255) cATAAATGAATCAATAACCACCTAATAACAAATCATATTATACACCTTTGTTCGCTATTTTTCTAAGGTTTAAAAAATATTTTTAGGTaaa < 1:1104873/91‑1 (MQ=255) cATAAATGAATCAATAACCACCTAATAACAAATCATATTATACACCTTTGTTCGCTATTTTTCTAAGGTTTAAAAAATATTTTTAGGTaaa < 1:868046/91‑1 (MQ=255) aTAAATGAATCAATAACCACCTAATAACAAATCATATTATACACCTTTGTTCGCTATTTTTCTAAGGTTTAAAAAATATTTTTAGGTAAAc < 2:3682504/91‑1 (MQ=255) aaaTGAATCAATAACCACCTAATAACAAATCATATTATACACCTTTGTTCGCTATTTTTCTAAGGTTTAAAAAATATTTTTAGGTAAACCt < 2:3210220/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |