| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,566,057 | A→T | 7.5% | intergenic (+106/+34) | nhaK_2 → / ← plaP | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Low‑affinity putrescine importer PlaP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,566,057 | 0 | A | T | 7.5% | 847.6 / 41.5 | 254 | intergenic (+106/+34) | nhaK_2/plaP | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Low‑affinity putrescine importer PlaP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (136/99); new base T (8/11); total (144/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
ACCCCCGTACATATGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATAACCTTTCATCAATCCGATTTGATTATAGAATCTATTTTTTAAGTTTAAATGGAATTGTACATACGTTAACATTCTTTTGATAAATTAA > USA300TCH1516_ALE/2565967‑2566147 | cccccGTACATATGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAAt < 1:3379879/91‑1 (MQ=255) cccccGTACATATGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAAt < 2:2085554/91‑1 (MQ=255) cccccGTACATATGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAAt < 2:2485515/91‑1 (MQ=255) ccccGTACATATGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTAATAAAAAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATa < 2:3803327/91‑1 (MQ=255) cccGTACATATGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATaa > 1:2110389/1‑91 (MQ=255) aCATATGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATAACCttt < 2:1981453/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |