| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,566,059 | A→T | 7.4% | intergenic (+108/+32) | nhaK_2 → / ← plaP | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Low‑affinity putrescine importer PlaP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,566,059 | 0 | A | T | 7.4% | 867.5 / 41.9 | 258 | intergenic (+108/+32) | nhaK_2/plaP | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Low‑affinity putrescine importer PlaP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (147/92); new base T (8/11); total (155/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
CCCCGTACATATGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATAACCTTTCATCAATCCGATTTGATTATAGAATCTATTTTTTAAGTTTAAATGGAATTGTACATACGTTAACATTCTTTTGATAAATTAAAT > USA300TCH1516_ALE/2565969‑2566149 | ccccGTACATATGATACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATAATCAGCAACAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATa < 2:3803850/91‑1 (MQ=255) cccGTACATATGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATaa > 1:2973885/1‑91 (MQ=255) cccGTACATATGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATaa > 1:183837/1‑91 (MQ=255) gTACATATGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATAACCt < 2:3642380/91‑1 (MQ=255) atatGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACCTCAAAAAACCAGATTGATGAAAAGTAAATAACCTTtca > 2:1343996/1‑91 (MQ=255) tatGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATAACCTTtcat > 1:2588543/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |