Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,566,062 | C→T | 7.6% | intergenic (+111/+29) | nhaK_2 → / ← plaP | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Low‑affinity putrescine importer PlaP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,566,062 | 0 | C | T | 7.6% | 835.5 / 37.8 | 262 | intergenic (+111/+29) | nhaK_2/plaP | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Low‑affinity putrescine importer PlaP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (151/91); new base T (8/12); total (159/103) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.82e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
GTACATATGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATAACCTTTCATCAATCCGATTTGATTATAGAATCTATTTTTTAAGTTTAAATGGAATTGTACATACGTTAACATTCTTTTGATAAATTAAATACA > USA300TCH1516_ALE/2565973‑2566152 | aCATATGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATAACCttt < 2:1981453/91‑1 (MQ=255) atatGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATAACCTTtca < 2:3736881/91‑1 (MQ=255) atatGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATAACCTTtca < 1:2599308/91‑1 (MQ=255) tatGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATAACCTTtcat > 1:2588005/1‑91 (MQ=255) atGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATAACCTTtcatc > 2:2799455/1‑91 (MQ=255) atGAGACAAAGTCATTATCATCTCATATGTACGGGGTTTTTATATTCAACATCAAAAAATCAGATTGATGAAAAGTAAATAACCTTtcatc < 1:3792032/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |