| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,608,409 | G→A | 5.6% | intergenic (‑260/‑29) | USA300HOU_RS13435 ← / → USA300TCH1516_02485 | putative oxidoreductase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,608,409 | 0 | G | A | 5.6% | 631.5 / 16.3 | 196 | intergenic (‑260/‑29) | USA300HOU_RS13435/USA300TCH1516_02485 | putative oxidoreductase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (81/104); new base A (5/6); total (86/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
TTTTATTTTTAAAAATGTTGAAAAATCGTCACTTCTTTATTGTAAAAACATTATATTAGTAATAAAGTTAATACTGTGATTTATCATTCGATTGAATGATTAGAGGGAGGAATAAAACGTGACATATCATGAGCGTGTTTTAGCATTAAGAGCAGAAAGTAAAAGAACCGCATTTGATTT > USA300TCH1516_ALE/2608320‑2608499 | ttttatttttaAAAATGTTGAAAAATCGTCACTTCTTTATTGTAAAAACATTATATTAGTAATAAAGTTAATACTGTGATTTATCATTCGa < 2:2955236/91‑1 (MQ=255)ttttatttttaAAAATGTTGAAAAATCGTCACTTCTTTATTGTAAAAACATTATATTAGTAATAAAGTTAATACTGTGATTTATCATTCGa < 2:2953839/91‑1 (MQ=255)ttttatttttaAAAATGTTGAAAAATCGTCACTTCTTTATTGTAAAAACATTATATTAGTAATAAAGTTAATACTGTGATTTATCATTCGa < 2:1801575/91‑1 (MQ=255) tttatttttaAAAATGTTGAAAAATCGTCACTTCTTTATTGTAAAAACATTATATTAGTAATAAAGTTAATACTGTGATTTATCATTCGAt < 1:1005993/91‑1 (MQ=255) tttatttttaAAAATGTTGAAAAATCGTCACTTCTTTATTGTAAAAACATTATATTAGTAATAAAGTTAATACTGTGATTTATCATTCGAt > 1:494135/1‑91 (MQ=255) ttatttttaAAAATGTTGAAAAATCGTCACTTCTTTATTGTAAAAACATTATATTAGTAATAAAGTTAATACTGTGATTTATCATTCGAtt > 2:1546439/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |