| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,608,412 | T→C | 5.7% | intergenic (‑263/‑26) | USA300HOU_RS13435 ← / → USA300TCH1516_02485 | putative oxidoreductase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,608,412 | 0 | T | C | 5.7% | 580.9 / 16.2 | 186 | intergenic (‑263/‑26) | USA300HOU_RS13435/USA300TCH1516_02485 | putative oxidoreductase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (75/100); new base C (5/6); total (80/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
TTATTTTTAAAAATGTTGAAAAATCGTCACTTCTTTATTGTAAAAACATTATATTAGTAATAAAGTTAATACTGTGATTTATCATTCGATTGAATGATTAGAGGGAGGAATAAAACGTGACATATCATGAGCGTGTTTTAGCATTAAGAGCAGAAAGTAAAAGAACCGCATTTGATTTTCG > USA300TCH1516_ALE/2608322‑2608502 | ttatttttaAAAATGTTGAAAAATCGTCACTTCTTTATTGTAAAAACATTATATTAGTAATAAAGTTAATACTGTGATTTATCATTCGAtt > 2:1546872/1‑91 (MQ=255)ttatttttaAAAATGTTGAAAAATCGTCACTTCTTTATTGTAAAAACATTATATTAGTAATAAAGTTAATACTGTGATTTATCATTCGAtt < 2:3759351/91‑1 (MQ=255)ttatttttaAAAATGTTGAAAAATCGTCACTTCTTTATTGTAAAAACATTATATTAGTAATAAAGTTAATACTGTGATTTATCATTCGAtt > 1:3741403/1‑91 (MQ=255)ttatttttaAAAATGTTGAAAAATCGTCACTTCTTTATTGTAAAAACATTATATTAGTAATAAAGTTAATACTGTGATTTATCATTCGAtt > 2:2793956/1‑91 (MQ=255)ttatttttaAAAATGTTGAAAAATCGTCACTTCTTTATTGTAAAAACATTATATTAGTAATAAAGTTAATACTGTGATATATCATTCGAtt > 2:3232458/1‑91 (MQ=255) tatttttaAAAATGTTGAAAAATCGTCACTTCTTTATTGTAGAAACATTATATTAGTAATAAAGTTAATACTGTGATTTATCATTCGATTg < 2:3415556/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |