| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,608,816 | A→G | 6.3% | intergenic (+97/+163) | USA300TCH1516_02485 → / ← USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,608,816 | 0 | A | G | 6.3% | 668.7 / 26.2 | 221 | intergenic (+97/+163) | USA300TCH1516_02485/USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (110/97); new base G (6/8); total (116/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
TTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCAC > USA300TCH1516_ALE/2608726‑2608906 | ttCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCcaca > 2:2394143/1‑91 (MQ=255)ttCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCcaca < 2:3006057/91‑1 (MQ=255) tttATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCa > 1:2271095/1‑91 (MQ=255) ttATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCaa < 1:1923819/91‑1 (MQ=255) tatataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAatat > 2:3623500/1‑91 (MQ=255) tatataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAatat < 2:3551966/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |