Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,608,820 | A→T | 6.1% | intergenic (+101/+159) | USA300TCH1516_02485 → / ← USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,608,820 | 0 | A | T | 6.1% | 754.3 / 26.8 | 227 | intergenic (+101/+159) | USA300TCH1516_02485/USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (116/97); new base T (6/8); total (122/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAAC > USA300TCH1516_ALE/2608730‑2608910 | tttATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCa > 2:1158521/1‑91 (MQ=255) tatataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAatat < 2:742445/91‑1 (MQ=255) tatataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAatat > 1:1123432/1‑91 (MQ=255) tatataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAatat > 1:3754818/1‑91 (MQ=255) tatataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAatat > 2:3623500/1‑91 (MQ=255) tatataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAatat < 2:3551966/91‑1 (MQ=255) atataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAAtata > 1:973720/1‑91 (MQ=255) tataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAg < 1:2095884/91‑1 (MQ=255) ataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACGTCCTatattgg < 2:1279975/91‑4 (MQ=255) ataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACGTCCTatattgg < 2:1785499/91‑4 (MQ=255) taGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGa > 1:3250617/1‑91 (MQ=255) taGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGa < 2:2981104/91‑1 (MQ=255) taGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTCTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGa > 1:3872346/1‑91 (MQ=255) aGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACGTCCTATATTGGat < 1:3684316/91‑2 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |