Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,608,825 | A→T | 10.1% | intergenic (+106/+154) | USA300TCH1516_02485 → / ← USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,608,825 | 0 | A | T | 10.1% | 701.5 / 56.3 | 230 | intergenic (+106/+154) | USA300TCH1516_02485/USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (109/96); new base T (18/5); total (128/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.10e-01 |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
ATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGGG > USA300TCH1516_ALE/2608735‑2608915 | atataGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAAtata > 1:973733/1‑91 (MQ=255) taGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGa > 1:2580664/1‑91 (MQ=255) taGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGa < 2:2981104/91‑1 (MQ=255) taGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGa < 2:3430420/91‑1 (MQ=255) taGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTCTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGa > 1:3872168/1‑91 (MQ=255) aGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACGTCCTATATTGGat < 1:3684213/91‑2 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |