| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,611,882 | T→G | 5.8% | intergenic (‑205/+7) | USA300HOU_RS13465 ← / ← USA300TCH1516_02490 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,611,882 | 0 | T | G | 5.8% | 804.8 / 33.8 | 241 | intergenic (‑205/+7) | USA300HOU_RS13465/USA300TCH1516_02490 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (125/101); new base G (8/6); total (134/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
TTCTTTATCTTATCATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATACATTT > USA300TCH1516_ALE/2611792‑2611972 | ttCTTTATCTTATCATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCtt > 2:1807698/1‑91 (MQ=255) ttatcttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCaga < 1:1464817/91‑1 (MQ=255) tatcttatcATCAATTTTTCTTTTTTTTTCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACTCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCagag > 2:3733631/1‑91 (MQ=255) tatcttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTGAagag < 1:2098345/91‑1 (MQ=255) tcttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGt < 2:1145909/91‑1 (MQ=255) tcttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGt < 1:2596321/91‑1 (MQ=255) tcttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGt < 2:2500242/91‑1 (MQ=255) tcttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGt > 2:2557419/1‑91 (MQ=255) tcttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGt > 2:2903777/1‑91 (MQ=255) tcttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGt < 1:80437/91‑1 (MQ=255) tcttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGt < 1:1738167/91‑1 (MQ=255) tcttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTGAAGAGGt < 2:3238111/91‑1 (MQ=255) cttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCGAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTGAAGAGGtt < 1:3175602/91‑1 (MQ=255) cttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGtt < 1:192997/91‑1 (MQ=255) ttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCCGAGGTTa > 2:448382/1‑91 (MQ=255) ttatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTa < 1:3836027/91‑1 (MQ=255) tatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTaa > 2:3705890/1‑91 (MQ=255) tatcATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTaa < 2:1693746/91‑1 (MQ=255) tcaATTTTTCTTTTGAGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTACTTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAAttttt > 1:3309675/1‑91 (MQ=255) caATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTc > 1:2927120/1‑91 (MQ=255) aTTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCAc < 2:2034818/91‑1 (MQ=255) aTTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCAc > 1:2845571/1‑91 (MQ=255) ttCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAat < 1:3756948/91‑1 (MQ=255) tCTTTTGGGTTCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAatt > 2:239784/1‑91 (MQ=255) cTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAattt > 1:3469221/1‑91 (MQ=255) cTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTCCAGAGGTTAATTTTTCACCAattt > 2:3604760/1‑91 (MQ=255) ttttGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAatttc < 1:1560222/91‑1 (MQ=255) ttttGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAat < 1:2464082/88‑1 (MQ=255) tttGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAatttca > 2:1614606/1‑91 (MQ=255) tttGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAatttca > 2:3488742/1‑91 (MQ=255) tttGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAatttca > 2:3489016/1‑91 (MQ=255) ttGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAatttcat > 2:1652885/1‑91 (MQ=255) ttGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAatttcat > 1:307192/1‑91 (MQ=255) ttGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTGCACCAatttcat < 1:2990946/91‑1 (MQ=255) tGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAatttcatt > 1:1196459/1‑91 (MQ=255) gATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTcc < 2:568938/91‑1 (MQ=255) aTCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCa > 1:893338/1‑91 (MQ=255) cTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAAc < 1:1489929/91‑1 (MQ=255) tGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAAct > 1:2606763/1‑91 (MQ=255) ttCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAActtct > 1:3087382/1‑91 (MQ=255) tCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAActtctt < 1:1006286/91‑1 (MQ=255) tCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAActtctt > 2:1478737/1‑91 (MQ=255) tCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAActtctt > 1:476724/1‑91 (MQ=255) aaGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTgc > 1:1603324/1‑91 (MQ=255) aaGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCCATACCCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCCACTTCTTgc > 1:2600255/1‑91 (MQ=255) aaGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCCTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTgc < 2:2038323/91‑1 (MQ=255) ttACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCtt > 1:657164/1‑91 (MQ=255) tACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCttt > 1:937899/1‑91 (MQ=255) tACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCttt < 1:2739611/91‑1 (MQ=255) tACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCttt > 1:1317688/1‑91 (MQ=255) cTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCttttt < 1:3554238/91‑1 (MQ=255) tttCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCtttttt > 2:2341820/1‑91 (MQ=255) tCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTcc > 2:302262/1‑91 (MQ=255) aTACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCACTTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAg > 1:1053902/1‑91 (MQ=255) gcgcCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGt < 1:178203/91‑1 (MQ=255) cgcCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCCGTTGtc > 1:774867/1‑91 (MQ=255) ccACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGtctc < 1:3246833/91‑1 (MQ=255) cACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTcc > 1:2028283/1‑91 (MQ=255) aCCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTcc > 2:2352999/1‑60 (MQ=255) aCCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTcc < 1:2352999/60‑1 (MQ=255) aCCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCa > 2:1325879/1‑91 (MQ=255) ccTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCaa > 1:777038/1‑91 (MQ=255) ccTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCaa < 1:1123398/91‑1 (MQ=255) ccTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCaa > 2:1350456/1‑91 (MQ=255) ttAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtg > 1:1388437/1‑91 (MQ=255) ttAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtg < 2:1197924/91‑1 (MQ=255) tAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtgt < 1:126397/91‑1 (MQ=255) tAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtgt < 2:1267115/91‑1 (MQ=255) tAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtgt < 1:2493049/91‑1 (MQ=255) tAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtgt < 1:905226/91‑1 (MQ=255) aaTTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtgtg > 1:2685515/1‑91 (MQ=255) aaTTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtgtg < 2:577580/91‑1 (MQ=255) aaTTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTAtgtg > 2:2333009/1‑91 (MQ=255) aTTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGc < 1:1608402/91‑1 (MQ=255) aTTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGc > 1:3548656/1‑91 (MQ=255) ttCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGcc < 1:297705/91‑1 (MQ=255) ttCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGcc < 2:3087197/91‑1 (MQ=255) tCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCa > 2:3466567/1‑91 (MQ=255) cATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCAt < 2:1900525/91‑1 (MQ=255) cTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTTACTATTTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATcgc > 2:1451883/1‑91 (MQ=255) cTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATcgc > 2:2445226/1‑91 (MQ=255) cTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATcgc < 1:2404780/91‑1 (MQ=255) ataACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGt < 2:1269037/91‑1 (MQ=255) ataACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGt > 2:3268976/1‑91 (MQ=255) ataACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGt > 2:2080675/1‑91 (MQ=255) aaCCTCTGAAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGa > 1:2260920/1‑91 (MQ=255) aaCCTCTGAAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGa > 1:3270615/1‑91 (MQ=255) aCCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGAt > 1:2495782/1‑91 (MQ=255) aCCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGAt > 1:1167408/1‑91 (MQ=255) aCCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGAt > 1:2113348/1‑91 (MQ=255) ccTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACTAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATa > 2:1945830/1‑91 (MQ=255) ccTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATa > 2:958792/1‑91 (MQ=255) ccTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATa < 2:893338/91‑1 (MQ=255) ccTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATa < 1:556818/91‑1 (MQ=255) ctTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATACAt > 1:982017/1‑91 (MQ=255) ctTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATATGCCTTCGCATGATActt > 2:3365522/1‑89 (MQ=255) tCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATACAttt > 1:629159/1‑91 (MQ=255) tCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATACAttt > 2:3092225/1‑91 (MQ=255) tCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATACAttt > 1:3363750/1‑91 (MQ=255) tCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATACAttt > 2:2119900/1‑91 (MQ=255) | TTCTTTATCTTATCATCAATTTTTCTTTTGGGATCTGTTTCAAGTTTACTTTCATACGCGCCACCTTTTCTTAATTCATCTATAACCTCTTCAGAGGTTAATTTTTCACCAATTTCATTTCCAACTTCTTGCGCTTTTTTCCAGTTGTCTCCAAATTTATGTGCCATCGCGTGATACATTT > USA300TCH1516_ALE/2611792‑2611972 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |