Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,668,300 | G→T | 5.1% | intergenic (‑109/‑442) | USA300HOU_RS13735 ← / → USA300TCH1516_02539 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,668,300 | 0 | G | T | 5.1% | 819.8 / 24.7 | 233 | intergenic (‑109/‑442) | USA300HOU_RS13735/USA300TCH1516_02539 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/113); new base T (8/4); total (116/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TATGTTTATTTTATTTTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTGAAATATTTGATATTTGTGAAAGATTTTTAAAATGGATTGTTTCAAAAACTACTTATGTTGTCGTTAATATTTACTAATTAACTTTTTACT > USA300TCH1516_ALE/2668210‑2668390 | tATGTTTATTTTATTTTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTg < 2:204931/91‑1 (MQ=255) tATGTTTATTTTATTTTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTg < 2:2279252/91‑1 (MQ=255) aTGTTTATTTTATTTTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTGa > 1:1267009/1‑91 (MQ=255) tGTTTATTTTATTTTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTGaa > 2:1677666/1‑91 (MQ=255) tattttatttTCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTGAAatat < 2:130686/91‑1 (MQ=255) ttttattttCAGACCATAAACATCGTACACCCTTAAGAAAACGTTTTCAACTTTTATCTGTTATCAAATCAAATATTTAAGTGGAatattt > 2:1697219/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |