Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,669,453 | C→T | 5.5% | A118V (GCT→GTT) | yicL → | putative inner membrane transporter YicL |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,669,453 | 0 | C | T | 5.5% | 599.4 / 13.7 | 180 | A118V (GCT→GTT) | yicL | putative inner membrane transporter YicL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (88/82); new base T (3/7); total (91/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
GACGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTG > USA300TCH1516_ALE/2669363‑2669542 | gACGTATGTTAGGCAAATTACTTATGTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAAtgc < 1:3599663/91‑1 (MQ=255) aCGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAAtgct > 2:1492645/1‑91 (MQ=255) cGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTCGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAAtgctg > 2:890980/1‑91 (MQ=255) cGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAAtgctg > 1:2296698/1‑91 (MQ=255) cGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAAtgctg > 2:3789983/1‑91 (MQ=255) aTGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGa < 1:285067/91‑1 (MQ=255) 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tACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGTTGCAATCGCAGCATtacc < 1:2305764/91‑2 (MQ=38) aCTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTACTGCTGCGATTGCAACATtacta > 2:2948877/1‑91 (MQ=255) aCTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGTTGCAATCGCAGCATtacct < 2:642546/91‑3 (MQ=38) aCTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGTTGCAATCGCAGCATtacct < 2:1267928/91‑3 (MQ=38) aCTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATtacta > 2:3622674/1‑91 (MQ=255) aCTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATtacta > 1:1987418/1‑91 (MQ=255) cTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATtactac < 1:2192093/91‑1 (MQ=255) ttATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACa > 2:3708784/1‑91 (MQ=255) tATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACaa < 1:1443423/91‑1 (MQ=255) aTCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAAt > 1:3647041/1‑91 (MQ=255) cTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATAc < 2:1623944/91‑1 (MQ=255) cTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATAc < 1:3045524/91‑1 (MQ=255) cAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACAtt < 1:2891884/91‑1 (MQ=255) gTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTgc < 2:941139/91‑1 (MQ=255) tataCTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTgcg < 1:271523/91‑1 (MQ=255) ataCTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCAATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTgcgc > 1:3362291/1‑91 (MQ=255) ataCTGAGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTacgc > 1:3012532/1‑91 (MQ=255) taCTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGcc > 2:2500270/1‑91 (MQ=255) taCTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGcc > 1:1698023/1‑91 (MQ=255) taCTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGcc > 2:2611230/1‑91 (MQ=255) cTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAg > 2:241570/1‑91 (MQ=255) tGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGt > 1:1060619/1‑91 (MQ=255) gggCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGtt > 2:2286344/1‑91 (MQ=255) gggCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGtt < 1:1605752/91‑1 (MQ=255) gCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTta > 2:354455/1‑91 (MQ=255) cATGTTCGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGCTTGCAACATTACTACAATACATCGCGCCAGTTtat > 2:1333746/1‑91 (MQ=255) cATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTtat > 2:823702/1‑91 (MQ=255) cATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTtat > 2:2061020/1‑91 (MQ=255) gTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGTCAGTTTAtatt > 1:3517295/1‑91 (MQ=255) tagtagTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTTCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTAtattat < 1:3273384/91‑1 (MQ=255) agtagtACATTATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATGGCGCCAGTTTAtattatt < 2:723558/91‑1 (MQ=255) agtagtACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTAtattatt < 2:3318490/91‑1 (MQ=255) tggtaCTATGTGCTTATTTGGCATCTTTTAATGCGGGTGATGCTGGGTTTGCAACTTTATTAGAATACTTTGCGCCAGTTTAtattatttt < 2:1997113/89‑3 (MQ=255) tagtaCAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTAtattattat < 2:2154010/91‑1 (MQ=255) tagtaCAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTAtattattat > 2:41544/1‑91 (MQ=255) agtaCAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATattattatt < 1:2529354/91‑1 (MQ=255) gtaCAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTAttt > 1:398671/1‑91 (MQ=255) gtaCAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTAttt < 2:2440748/91‑1 (MQ=255) gtaCAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTAttt < 2:1789511/91‑1 (MQ=255) taCAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTg < 2:2166090/91‑1 (MQ=255) atatGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGttt > 1:3783418/1‑91 (MQ=255) atGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGt > 1:2192670/1‑91 (MQ=255) tGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTc < 1:1889602/91‑1 (MQ=255) cTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCAt > 2:2992198/1‑91 (MQ=255) ttATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATa < 2:2308275/91‑1 (MQ=255) tataTGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATaa > 2:1599663/1‑91 (MQ=255) tGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATaa > 2:1068750/1‑87 (MQ=255) tGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATaa < 1:1068750/87‑1 (MQ=255) tGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAgg > 2:2247591/1‑91 (MQ=255) ggCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGc < 2:3480233/91‑1 (MQ=255) ggCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGc < 1:315580/91‑1 (MQ=255) ggCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGc < 2:2714470/91‑1 (MQ=255) gCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCg < 2:908218/91‑1 (MQ=255) gCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCg < 1:3071449/91‑1 (MQ=255) cATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGTGGCGt > 2:3148371/1‑91 (MQ=255) aTCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGtt > 1:1591094/1‑91 (MQ=255) aTCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGtt < 2:237458/91‑1 (MQ=255) tCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTg > 1:680975/1‑91 (MQ=255) aTTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCaa < 1:2359079/91‑1 (MQ=255) ttAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCaaa > 2:3530113/1‑91 (MQ=255) ttAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCaaa > 1:847431/1‑91 (MQ=255) ttAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCaaa > 1:587864/1‑91 (MQ=255) tAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCaaaa < 1:2423030/91‑1 (MQ=255) tAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCaaaa > 1:3679593/1‑91 (MQ=255) tAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCaaaa > 1:883678/1‑91 (MQ=255) aTACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACt < 2:586348/91‑1 (MQ=255) tACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTa > 2:1523496/1‑91 (MQ=255) tACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTa < 2:2191689/91‑1 (MQ=255) tACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTa < 1:168224/91‑1 (MQ=255) aCAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTaa < 2:2877228/91‑1 (MQ=255) aCAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTaa < 1:1148278/91‑1 (MQ=255) aCAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTaa < 2:2877054/91‑1 (MQ=255) gtagTAATGTTGCAATCGCAGCATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAAc > 1:3633357/4‑91 (MQ=37) tagTAATGTTGCAATCGCAGCATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACa > 1:750467/3‑91 (MQ=38) tagTAATGTTGCAATCGCAGCATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTGGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACa > 1:3295583/3‑91 (MQ=37) aGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACa < 2:2231079/91‑1 (MQ=255) ggTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACat < 1:2679632/91‑1 (MQ=255) ggTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACat > 2:1584288/1‑91 (MQ=255) ggTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACat < 1:89672/91‑1 (MQ=255) gTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACatt > 1:279862/1‑91 (MQ=255) aaTGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTAGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACattag > 2:3834305/1‑90 (MQ=255) aTGCTGCGATTGCAACATTACTACGATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACattatt > 2:484276/1‑91 (MQ=255) aTGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACattatt > 2:259850/1‑91 (MQ=255) aTGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACattatt > 1:2285078/1‑91 (MQ=255) tgctgcGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTAttt > 1:1021908/1‑91 (MQ=255) gctgcGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTACCATTATTTg < 1:1947550/91‑1 (MQ=255) | GACGTATGTTAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTG > USA300TCH1516_ALE/2669363‑2669542 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |