| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,669,460 | T→C | 5.5% | I120I (ATT→ATC) | yicL → | putative inner membrane transporter YicL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,669,460 | 0 | T | C | 5.5% | 636.9 / 17.5 | 199 | I120I (ATT→ATC) | yicL | putative inner membrane transporter YicL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (99/89); new base C (4/7); total (103/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
TAGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAACATTACTACAATACATTGCGCCAGTTTATATTATTATTTGGTTTGTCATAAGAGGCGTTGCAAAACTAACATTATTTGATGTGCTT > USA300TCH1516_ALE/2669372‑2669550 | aGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGTTGCAATCGCa < 1:698580/91‑1 (MQ=255) aGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCa < 1:767083/91‑1 (MQ=255) aGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCa > 1:1216335/1‑91 (MQ=255) aGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCa < 1:1357850/91‑1 (MQ=255) aGGCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAATAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCa > 1:3276362/1‑91 (MQ=255) gCAAATTACTTATCTTCAGTATACTGGGCATGTTAGTAGTACAATATGCTTATATGGCATCTATTAATACAGGTAATGCTGCGATTGCAAc < 2:2456827/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |