| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,744,205 | A→G | 10.8% | intergenic (+142/+51) | fda → / ← mqo2 | Fructose‑bisphosphate aldolase class 1/putative malate:quinone oxidoreductase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,744,205 | 0 | A | G | 10.8% | 627.2 / 52.5 | 223 | intergenic (+142/+51) | fda/mqo2 | Fructose‑bisphosphate aldolase class 1/putative malate:quinone oxidoreductase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (115/84); new base G (7/17); total (122/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.19e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TGTGCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAATCTTTAAGATTTCTCAGTTGTCCGATTTTAAATATAGCTATTAGAATTTAGTTTTCGTAGTAACCTAATTCTAAGTCTTTTGAAGTT > USA300TCH1516_ALE/2744115‑2744295 | tgtgCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGaa > 1:791265/1‑91 (MQ=255)tgtgCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGaa > 1:2890352/1‑91 (MQ=255)tgtgCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGACTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGaa > 2:2219564/1‑91 (MQ=255) gtgCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGaaa < 1:82961/91‑1 (MQ=255) gtgCTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGaaa > 1:2237962/1‑91 (MQ=255) cTTTAAAGGCATTGTGTATGAGTCTTTTTTGATTAAAGTTGATTTTGCCGTATGTATTAGATTACGTAAAAAAATCGGACAGCTGAAAAAt < 2:2507267/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |