| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,774,463 | A→T | 5.0% | intergenic (‑93/+23) | USA300HOU_RS14290 ← / ← clfB | S‑formylglutathione hydrolase/Clumping factor B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,774,463 | 0 | A | T | 5.0% | 799.8 / 22.6 | 238 | intergenic (‑93/+23) | USA300HOU_RS14290/clfB | S‑formylglutathione hydrolase/Clumping factor B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (109/117); new base T (3/9); total (112/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
GTCATGACCCCTTTCTAATTCTACTTTATCAACATTTTACGCTTAATCAATTCACTTTAAAATCATTTTCAACAAAAAAACCGAATACAAATGTATTCGGCCTAAAAAAGTATTTACGCTTTTTCTTTATGATCTTGCTTGCGTTTTCTAAACAATAGTAATGATCCTAATAATGCCATC > USA300TCH1516_ALE/2774373‑2774552 | gTCATGACCCCTTTCTAATTCTACTTTATCAACATTTTACGCTTAATCAATTCACTTTAAAATCATTTTCAACAAAAAAACCGAATACaaa > 2:1263095/1‑91 (MQ=255)gTCATGACCCCTTTCTAATTCTACTTTATCAACATTTTACGCTTAATCAATTCACTTTAAAATCATTTTCAACAAAAAAACCGAATACaaa < 1:1419073/91‑1 (MQ=255) tCATGACCCCTTTCTAATTCTACTTTATCAACATTTTACGCTTAATCAATTCACTTTAAAATCATTTTCAACAAAAAAACCGAATACAAAt < 1:2227290/91‑1 (MQ=255) aTGACCCCTTTCTAATTCTACTTTATCAACATTTTACGCTTAATCAATTCACTTTAAAATCATTTTCAACAAAAAAACCGAATACAAATGt < 2:1446006/91‑1 (MQ=255) aTGACCCCTTTCTAATTCTACTTTATCAACATTTTACGCTTAATCAATTCACTTTAAAATCATTTTCAACAAAAAAACCGAATACAAATGt > 2:1923832/1‑91 (MQ=255) gACCCCTTTCTAATTCTACTTTATCAACATTTTACGCTTAATCAATTCACTTTAAAATCATTTTCAACAAAAAAACCGAATACAAATGTAt > 2:1775412/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |