| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,840,841 | T→A | 5.4% | intergenic (‑162/+143) | hisZ ← / ← USA300HOU_RS14555 | ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,840,841 | 0 | T | A | 5.4% | 751.3 / 19.2 | 225 | intergenic (‑162/+143) | hisZ/USA300HOU_RS14555 | ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (122/90); new base A (7/6); total (129/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
CCACGCTAAAGTGTAATATGATTAATAACTTATCATTTTTAGCAATACATTACAACCTTTTTCAGAAAATTCGGTGTATTGATTTTAAAATTTTTTAAAATAAAAAAGGCAAGACATTTGTGCCTATAAAAATGCTTAACCAAGATTTTTATATTGAAGTTGTACTTCTTGCACATATTGT > USA300TCH1516_ALE/2840751‑2840931 | ccACGCTAAAGTGTAATATGATTAATAACTTATCATTTTTAGCAATACATTACAACCTTTTTCAGAAAATTCGGTGTATTGATTTTAAAAt < 1:1706514/91‑1 (MQ=255)ccACGCTAAAGTGTAATATGATTAATAACTTATCATTTTTAGCAATACATTACAACCTTTTTCAGAAAATTCGGTGTATTGATTTTAAAAt < 2:1634009/91‑1 (MQ=255) cACGCTAAAGTGTAATATGATTAATAACTTATCATTTTTAGCAATACATTACAACCTTTTTCAGAAAATTCGGTGTATTGATTTTAAAAtt < 1:3166914/91‑1 (MQ=255) cACGCTAAAGTGTAATATGATTAATAACTTATCATTTTTAGCAATACATTACAACCTTTTTCAGAAAATTCGGTGTATTGATTTTAAAAtt < 2:616828/91‑1 (MQ=255) cACGCTAAAGTGTAATATGATTAATAACTTATCATTTTTAGCAATACATTACAACCTTTTTCAGAAAATTCGGTGTATTGATTTTAAAAtt < 2:616501/91‑1 (MQ=255) aCGCTAAAGTGTAATATGATTAATAACTTATCATTTTTAGCAATACATTACAACCTTTTTCAGAAAATTCGGTGTATTGATTTTAAAAttt > 2:137076/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |