| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 217,027 | G→T | 6.1% | intergenic (‑221/+32) | rocD2_1 ← / ← brnQ_1 | Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 217,027 | 0 | G | T | 6.1% | 686.6 / 25.0 | 198 | intergenic (‑221/+32) | rocD2_1/brnQ_1 | Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (96/90); new base T (2/10); total (98/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.31e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
AAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAC > USA300TCH1516_ALE/216937‑217117 | aaaTGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAg < 1:1173638/91‑1 (MQ=255)aaaTGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAg > 2:858969/1‑91 (MQ=255) aTGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCa < 1:3731544/91‑1 (MQ=255) aTGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCa > 2:2776689/1‑91 (MQ=255) aTGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCa < 2:1999047/91‑1 (MQ=255) aTGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCa > 2:1172373/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |