Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 217,045 A→C 9.3% intergenic (‑239/+14) rocD2_1 ← / ← brnQ_1 Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE217,0450AC 9.3% 650.2 / 41.3 203intergenic (‑239/+14)rocD2_1/brnQ_1Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (98/86);  new base C (17/2);  total (115/88)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.66e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01

Only 100 of 206 total aligned reads displayed.

TTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAA  >  USA300TCH1516_ALE/216957‑217135
                                                                                        |                                                                                          
 ttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtg                                                                                         <  1:2708056/91‑1 (MQ=255)
 ttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtg                                                                                         <  1:1230138/91‑1 (MQ=255)
 ttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtg                                                                                         >  1:409638/1‑91 (MQ=255)
   gtgGATAATCATTGATCTGTATGTATCAGATTGAAGTTTACTGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTCACATATGCCtgtg                                                                                       >  1:2523509/1‑91 (MQ=255)
   gtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgtg                                                                                       >  2:2547023/1‑91 (MQ=255)
   gtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACtgtg                                                                                       >  1:2876741/1‑91 (MQ=255)
    tgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTgg                                                                                      <  2:587805/91‑1 (MQ=255)
     ggATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGc                                                                                     >  2:1774403/1‑91 (MQ=255)
       aTAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCAt                                                                                   <  2:1322201/91‑1 (MQ=255)
        tAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATa                                                                                  <  1:3256669/91‑1 (MQ=255)
        tAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATa                                                                                  <  1:540787/91‑1 (MQ=255)
          aTCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGt                                                                                <  2:2293918/91‑1 (MQ=255)
           tCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGta                                                                               <  1:3805003/91‑1 (MQ=255)
            cATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtat                                                                              <  2:3865179/91‑1 (MQ=255)
            cATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtat                                                                              <  2:1670896/91‑1 (MQ=255)
              ttGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtatta                                                                            >  2:2093685/1‑91 (MQ=255)
               tGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtattat                                                                           >  1:377731/1‑91 (MQ=255)
               tGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGtattat                                                                           >  2:626141/1‑91 (MQ=255)
                  tatgtatgTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCt                                                                        >  2:1488318/1‑91 (MQ=255)
                   atgtatgtATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCtt                                                                       >  2:186911/1‑91 (MQ=255)
                    tgtatgtaTACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTtg                                                                      >  2:3877486/1‑91 (MQ=255)
                     gtatgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTtgt                                                                     <  1:1676148/91‑1 (MQ=255)
                     gtatgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTtgt                                                                     <  1:641637/91‑1 (MQ=255)
                       atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                                   <  1:3582479/91‑1 (MQ=255)
                       atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                                   >  1:3523507/1‑91 (MQ=255)
                       atgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTgg                                                                   <  2:2457226/91‑1 (MQ=255)
                          tataCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAt                                                                <  1:452946/91‑1 (MQ=255)
                          tataCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAt                                                                >  2:2151478/1‑91 (MQ=255)
                           ataCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAtt                                                               >  1:3453039/1‑91 (MQ=255)
                           ataCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAAtg                                                               <  2:3536005/91‑2 (MQ=255)
                              cGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATTCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTa                                                            >  2:3348837/1‑91 (MQ=255)
                              cGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAGCATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTa                                                            >  1:3601499/1‑91 (MQ=255)
                                   gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                                       >  2:1682572/1‑91 (MQ=255)
                                   gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                                       <  2:915410/91‑1 (MQ=255)
                                   gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                                       <  1:1044264/91‑1 (MQ=255)
                                   gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                                       <  1:3581008/91‑1 (MQ=255)
                                   gCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATg                                                       >  1:2742949/1‑91 (MQ=255)
                                     aGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCt                                                     <  2:1499879/91‑1 (MQ=255)
                                      gTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCtt                                                    <  1:2491458/91‑1 (MQ=255)
                                      gTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCtt                                                    >  1:2234854/1‑91 (MQ=255)
                                        ttAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTaa                                                  >  1:918096/1‑91 (MQ=255)
                                         tAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAt                                                 >  2:2980531/1‑91 (MQ=255)
                                         tAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAt                                                 >  1:2184598/1‑91 (MQ=255)
                                          aaTGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAtt                                                >  2:3429562/1‑91 (MQ=255)
                                            tGTAGTATGAATGAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAtttt                                              <  2:3226538/91‑1 (MQ=255)
                                            tGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAtttt                                              <  2:2935452/91‑1 (MQ=255)
                                            tGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAtttt                                              <  1:1653409/91‑1 (MQ=255)
                                             gtagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTta                                             <  2:1637017/91‑1 (MQ=255)
                                             gtagtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTta                                             >  2:49372/1‑91 (MQ=255)
                                               agtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTtata                                           >  1:871349/1‑91 (MQ=255)
                                                gtaTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataa                                          >  2:2863129/1‑91 (MQ=255)
                                                 taTGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaa                                         <  1:959127/91‑1 (MQ=255)
                                                    gAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaataa                                      <  1:2547023/91‑1 (MQ=255)
                                                     aaTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAaataat                                     <  1:2093685/91‑1 (MQ=255)
                                                     aaTAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAaataat                                     <  2:1554702/91‑1 (MQ=255)
                                                       tAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAAtttt                                              <  2:1674336/80‑1 (MQ=255)
                                                        aaaaaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGaa                                  <  2:377731/91‑1 (MQ=255)
                                                          aataTGCAACACGCATATGTTTATCTGATCACTGTGCCATATTATTATGCATGTGGAAGTTTACGATGCTTAATTTTATGAATAATGAAGc                                <  2:586407/88‑1 (MQ=255)
                                                          aaaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGc                                >  1:2844122/1‑91 (MQ=255)
                                                           aaaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGcc                               >  1:15117/1‑91 (MQ=255)
                                                            taTGCCACAGTCATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCg                              >  1:3670441/2‑91 (MQ=25)
                                                            aaTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCg                              <  1:2639915/91‑1 (MQ=255)
                                                              tGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGAt                            >  2:3595361/1‑91 (MQ=255)
                                                               gCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATa                           >  2:1878398/1‑91 (MQ=255)
                                                               gCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATa                           >  2:2526989/1‑91 (MQ=255)
                                                               gCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATa                           >  1:1206145/1‑91 (MQ=255)
                                                                ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATaa                          >  1:2961490/1‑91 (MQ=255)
                                                                 cacaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAAt                         >  1:705243/1‑91 (MQ=255)
                                                                 cacaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAAt                         <  1:3385763/91‑1 (MQ=255)
                                                                  acaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAg                                 >  2:2332132/1‑82 (MQ=255)
                                                                  acaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATg                        >  1:1457849/1‑91 (MQ=255)
                                                                  acaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATg                        <  2:3702993/91‑1 (MQ=255)
                                                                  acaAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATg                        <  2:1427348/91‑1 (MQ=255)
                                                                   caAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGa                       >  1:1859987/1‑91 (MQ=255)
                                                                    agtcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaa                      >  2:3058022/4‑91 (MQ=38)
                                                                    aaGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaa                      >  2:3287710/1‑91 (MQ=255)
                                                                    aaGCATATGTTTAACATATGACTGTGACATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaa                      >  2:3215969/1‑91 (MQ=255)
                                                                     gtcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaaa                     >  2:2886059/3‑91 (MQ=38)
                                                                     gtcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaaa                     >  1:1141397/3‑91 (MQ=38)
                                                                     gtcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaaa                     >  1:3852757/3‑91 (MQ=38)
                                                                     gtcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGCATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaaa                     >  1:119353/3‑91 (MQ=37)
                                                                     aGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaaa                     >  2:683063/1‑91 (MQ=255)
                                                                     aGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaaa                     <  2:479901/91‑1 (MQ=255)
                                                                     aGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaaa                     <  2:479994/91‑1 (MQ=255)
                                                                      tcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAc                    >  1:2749268/2‑91 (MQ=38)
                                                                       cATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAAcc                   <  1:2675466/91‑1 (MQ=255)
                                                                        atatGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCa                  >  2:2243958/1‑91 (MQ=38)
                                                                         tatGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTGTGCTTGTGGAATGTTACGATGGTTAGTTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCaa                 <  1:3099816/91‑1 (MQ=255)
                                                                         tatGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCaa                 >  2:1975306/1‑91 (MQ=255)
                                                                          atGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAAt                <  1:186911/91‑1 (MQ=255)
                                                                           tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc               >  2:752435/1‑91 (MQ=255)
                                                                           tGTTAAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATc               >  2:260554/1‑91 (MQ=255)
                                                                            gTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCa              >  1:2986880/1‑91 (MQ=255)
                                                                               tAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAc           >  2:2701085/1‑91 (MQ=255)
                                                                               tAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAAc           >  1:1326687/1‑91 (MQ=255)
                                                                                     atGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGaa     >  1:1442999/1‑91 (MQ=255)
                                                                                     atGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGaa     <  1:1774899/91‑1 (MQ=255)
                                                                                      tGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGaac    >  2:1955273/1‑91 (MQ=255)
                                                                                       gACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTCGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGaaca   <  1:3622109/91‑1 (MQ=255)
                                                                                        aCTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGaacaa  >  2:3002564/1‑91 (MQ=255)
                                                                                        |                                                                                          
TTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAA  >  USA300TCH1516_ALE/216957‑217135

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: