| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 217,046 | C→T | 8.4% | intergenic (‑240/+13) | rocD2_1 ← / ← brnQ_1 | Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 217,046 | 0 | C | T | 8.4% | 643.2 / 29.1 | 206 | intergenic (‑240/+13) | rocD2_1/brnQ_1 | Ornithine aminotransferase 2/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (101/87); new base T (16/2); total (117/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |