| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000731 | 12,017 | C→T | 11.0% | intergenic (+180/+43) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014 → / ← USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 12,017 | 0 | C | T | 11.0% | 1922.2 / 163.7 | 669 | intergenic (+180/+43) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (307/286); new base T (28/45); total (337/332) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 675 total aligned reads displayed.
TAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAA > CP000731/11927‑12107 | aaaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCg > 2:664480/1‑91 (MQ=255) aaaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCg < 1:1812925/91‑1 (MQ=255) aaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTACTAATAACACAAGAAGAAAGCGTACAAATTCGt > 1:3316850/1‑91 (MQ=255) aaaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGt > 2:2013224/1‑91 (MQ=255) aaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAATTTGTa < 1:1013313/91‑1 (MQ=255) aaGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACGAATTTGTa < 2:3472570/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |