| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 265,622 | T→G | 6.4% | intergenic (+22/+142) | ugpQ_2 → / ← scn_1 | Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic/Staphylococcal complement inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 265,622 | 0 | T | G | 6.4% | 654.4 / 25.9 | 196 | intergenic (+22/+142) | ugpQ_2/scn_1 | Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic/Staphylococcal complement inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (82/100); new base G (9/4); total (92/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
GATCAGATTAAAGAAGAAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATACCTTCAGAGGTCTTTTTAATGTTGCCATCTATGGGATAGGCAATCGTTTCATTCGTTTATATTCATATGACAAGTAT > USA300TCH1516_ALE/265532‑265712 | ggtCAGATTAAAGAAGAAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGt > 1:354729/3‑91 (MQ=255)gATCAGATTAAAGAAGAAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGt < 2:3319334/91‑1 (MQ=255) aTCAGATTAAAGAAGAAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGtt > 2:2530737/1‑91 (MQ=255) aagaagAAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAgatg > 2:2641975/1‑91 (MQ=255) agaagaAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAgatga < 1:1610753/91‑1 (MQ=255) aagaaaagaaAGACGAAACATAGCTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTGGAATAATATTAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATa < 2:2954137/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |