Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 265,629 | G→C | 6.9% | intergenic (+29/+135) | ugpQ_2 → / ← scn_1 | Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic/Staphylococcal complement inhibitor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 265,629 | 0 | G | C | 6.9% | 655.5 / 25.7 | 189 | intergenic (+29/+135) | ugpQ_2/scn_1 | Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic/Staphylococcal complement inhibitor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (78/98); new base C (9/4); total (87/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.25e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 |
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
TAAAGAAGAAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATACCTTCAGAGGTCTTTTTAATGTTGCCATCTATGGGATAGGCAATCGTTTCATTCGTTTATATTCATATGACAAGTATTTGTAT > USA300TCH1516_ALE/265540‑265718 | tAAAGAAGAAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAga < 2:764310/91‑1 (MQ=255) aagaagAAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAgatg > 2:2641975/1‑91 (MQ=255) agaagaAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAgatga < 1:1610753/91‑1 (MQ=255) gaagaaAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAgatgat > 2:931554/1‑91 (MQ=255) aagaaaagaaAGACGAAACATAGCTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTGGAATAATATTAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATa < 2:2954137/91‑1 (MQ=255) aagaaaagaaAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATa < 1:2628814/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |