| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 265,630 | A→T | 6.8% | intergenic (+30/+134) | ugpQ_2 → / ← scn_1 | Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic/Staphylococcal complement inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 265,630 | 0 | A | T | 6.8% | 635.5 / 24.3 | 189 | intergenic (+30/+134) | ugpQ_2/scn_1 | Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic/Staphylococcal complement inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (78/98); new base T (9/4); total (87/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.25e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
TAAAGAAGAAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATACCTTCAGAGGTCTTTTTAATGTTGCCATCTATGGGATAGGCAATCGTTTCATTCGTTTATATTCATATGACAAGTATTTGTATGG > USA300TCH1516_ALE/265540‑265720 | tAAAGAAGAAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAga < 2:764310/91‑1 (MQ=255) aagaagAAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAgatg > 2:2641975/1‑91 (MQ=255) agaagaAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAgatga < 2:1341022/91‑1 (MQ=255) agaagaAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAgatga < 2:1978365/91‑1 (MQ=255) gaagaaAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAgatgat > 2:931554/1‑91 (MQ=255) aagaaaagaaAGACGAAACATAGCTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTGGAATAATATTAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATa < 2:2954137/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |