| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 265,636 | C→A | 7.6% | intergenic (+36/+128) | ugpQ_2 → / ← scn_1 | Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic/Staphylococcal complement inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 265,636 | 0 | C | A | 7.6% | 686.5 / 31.4 | 198 | intergenic (+36/+128) | ugpQ_2/scn_1 | Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic/Staphylococcal complement inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (83/100); new base A (11/4); total (94/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.72e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
AGAAAAGAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATACCTTCAGAGGTCTTTTTAATGTTGCCATCTATGGGATAGGCAATCGTTTCATTCGTTTATATTCATATGACAAGTATTTGTATGGCAATTT > USA300TCH1516_ALE/265546‑265726 | gaaaagaaaGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATAcc > 2:942749/1‑91 (MQ=255) gaaaagaaaGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATAcc > 1:1385700/1‑91 (MQ=255) aaaagaaaGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATACCt > 2:3425475/1‑91 (MQ=255) aaagaaagACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATACCtt > 2:1709454/1‑91 (MQ=255) aaagaaagACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATACCtt > 2:546589/1‑91 (MQ=255) aaagaCGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATACCTTCaga > 1:432866/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |