| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 265,640 | C→T | 6.7% | intergenic (+40/+124) | ugpQ_2 → / ← scn_1 | Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic/Staphylococcal complement inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 265,640 | 0 | C | T | 6.7% | 688.0 / 22.5 | 208 | intergenic (+40/+124) | ugpQ_2/scn_1 | Glycerophosphodiester phosphodiesterase, cytoplasmic/Staphylococcal complement inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (90/104); new base T (10/4); total (100/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.63e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GAAAGACGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATACCTTCAGAGGTCTTTTTAATGTTGCCATCTATGGGATAGGCAATCGTTTCATTCGTTTATATTCATATGACAAGTATTTGTATGGCAATTTGGCG > USA300TCH1516_ALE/265552‑265730 | gaaagaCGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATACCTTCag < 2:758424/91‑1 (MQ=255) aaagaCGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATACCTTCaga > 1:432866/1‑91 (MQ=255) aaagaCGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATACCTTCaga < 2:2086911/91‑1 (MQ=255) agaCGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATACCTTCAGAgg < 1:2333686/91‑1 (MQ=255) agaCGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATACCTTCAGAgg < 1:669085/91‑1 (MQ=255) gaCGAAACATACTTCGATCGTTCTATAAGAATTTTGTTTGAATAATATAAACAAAGACCTCTAAAGTTATCAAGATGATACCTTCAGAGGt > 1:3262299/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |