| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 299,460 | A→C | 5.6% | intergenic (+2/‑274) | tarF_1 → / → tarI | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase/Ribitol‑5‑phosphate cytidylyltransferase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 299,460 | 0 | A | C | 5.6% | 779.7 / 33.6 | 235 | intergenic (+2/‑274) | tarF_1/tarI | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase/Ribitol‑5‑phosphate cytidylyltransferase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (95/126); new base C (3/10); total (99/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
TTGAAGCACGAACGGTATTTTATCAAAAATTCTGTTCATTAGAAGATGGACAAGCGTCACAACGAATTTGCCAAACGATTTTTAAGTGATAACTTAAAAACAATAAAAAATTATAAATTAATTAGTTAAGTGATATAAATAATAAACGAAATGTTTGCTTGTATGTTATTATTTGTGTATG > USA300TCH1516_ALE/299370‑299550 | tGAAGCACGAACGGTATTTTATCAAAAATTCTGTTCATTAGAAGATGGACAAGCGTCACAACGAATTTGCCAAACGATTTTTAAGTGATaa < 2:3365382/91‑1 (MQ=255) gAAGCACGAACGGTATTTTATCAAAAATTCTGTTCATTAGAAGATGGACAAGCGTCACAACGAATTTGCCAAACGATTTTTAAGTGATAAc > 1:182255/1‑91 (MQ=255) aaGCACGAACGGTATTTTATCAAAAATTCTGTTCATTAGAAGATGGACAAGCGTCACAACGAATTTGCCAAACGATTTTTAAGTGATAACt < 2:1284393/91‑1 (MQ=255) aGCACGAACGGTATTTTATCAAAAATTCTGTTCATTAGAAGATGGACAAGCGTCACAACGAATTTGCCAAACGATTTTTAAGTTATCACtt < 1:73322/91‑1 (MQ=255) aGCACGAACGGTATTTTATCAAAAATTCTGTTCATTAGAAGATGGACAAGCGTCACAACGAATTTGCCAAACGATTTTTAAGTGATAACtt > 1:2372024/1‑91 (MQ=255) cACGAACGGTATTTTATCAAAAATTCTGTTCATTAGAAGATGGACAAGCGTCACAACGAATTTGCCAAACGATTTTTATGTTATCACTTaa < 1:2979335/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |