BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	USA300TCH1516_ALE	346,353	A→T	5.9%	V56V (GTA→GTT)	sotB →	sugar efflux transporter

Read alignment evidence...
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*	USA300TCH1516_ALE	346,353	0	A	T	5.9%	907.6 / 30.0	265	V56V (GTA→GTT)	sotB	sugar efflux transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (120/129); new base T (10/6); total (130/135)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 276 total aligned reads displayed.

ATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTGGGT  >  USA300TCH1516_ALE/346263‑346443

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                aTTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTg                                                                            <  2:3517947/91‑1 (MQ=255)

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                    tttgtAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGtttt                                                                        <  1:1994770/91‑1 (MQ=255)

                    tttgtAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGtttt                                                                        <  2:1792585/91‑1 (MQ=255)

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                        tagtaTTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAAt                                                                    >  1:3650190/1‑91 (MQ=255)

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                                                                                          aaCAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTGGgt  >  1:714002/1‑91 (MQ=255)

ATTTGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTATAAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTGGGT  >  USA300TCH1516_ALE/346263‑346443

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`