BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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Read alignment evidence...
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*	USA300TCH1516_ALE	346,356	0	A	G	5.3%	846.8 / 26.1	262	T57T (ACA→ACG)	sotB	sugar efflux transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (117/131); new base G (10/4); total (127/135)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.80e-01

Only 100 of 276 total aligned reads displayed.

TGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTAT‑AAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTGGGTGT  >  USA300TCH1516_ALE/346266‑346445

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  gTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTAT‑AAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACaat                                                                                         >  2:3495071/1‑91 (MQ=255)

   tATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTAT‑AAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATTGTTACgata                                                                                        <  1:3470621/91‑1 (MQ=255)

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      tGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTAT‑AAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATTGTTACGATAAtt                                                                                     <  1:3689853/91‑1 (MQ=255)

      tGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTAT‑AAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATTGTTACGATAAtt                                                                                     <  1:2806301/91‑1 (MQ=255)

      tGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTAT‑AAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAAtt                                                                                     >  1:2162213/1‑91 (MQ=255)

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              ttgtttgtAGTATTAATTAT‑AAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTATGt                                                                             >  1:3052786/1‑91 (MQ=255)

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                                 t‑aAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCatat                                                          >  1:2692374/1‑91 (MQ=255)

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                                                                                          cAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTGGgtgt  <  2:748466/91‑1 (MQ=255)

TGGTATTGGAAGTATTGTTTGTAGTATTAATTAT‑AAAAAATACGATGCTGAAAAAGGTTCGAAGTTATTGCAAATTGCAATTATCGTAACAATAATTGCTTTTGTTTTAAATTTATTAGCATATTTAGGTTTAAGATAAGTAAAACGAATTTGAAGAAGCATTAAGCGACATTTGGGTGT  >  USA300TCH1516_ALE/346266‑346445

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`