Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 401,404 | G→T | 8.6% | intergenic (‑189/‑52) | USA300HOU_RS01845 ← / → sutR | hypothetical protein/HTH‑type transcriptional regulator SutR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 401,404 | 0 | G | T | 8.6% | 736.4 / 43.4 | 219 | intergenic (‑189/‑52) | USA300HOU_RS01845/sutR | hypothetical protein/HTH‑type transcriptional regulator SutR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (102/98); new base T (11/8); total (113/106) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
AATTATGACTTGTAGGCGTTGAGGTGTTTGTTTCAAAATGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGTTGATGCGATGTGCGTAATCGATTGAAAGAATTACGAGCACGAGATGGC > USA300TCH1516_ALE/401314‑401494 | aaTTATGACTTGTAGGCGTTGAGGTGTTTGTTTCAAAATGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAg > 1:1402352/1‑91 (MQ=255) tATGACTTGTAGGCGTTGAGGTGTTTGTTTCAAAATGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAACTATATTTg < 2:1736033/91‑1 (MQ=255) aTGACTTGTAGGCGTTGAGGTGTTTGTTTCAAAATGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAACTATATTTGt < 1:53985/91‑1 (MQ=255) aTGACTTGTAGGCGTTGAGGTGTTTGTTTCAAAATGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGt > 1:1381300/1‑91 (MQ=255) aTGACTTGTAGGCGTTGAGGTGTTTGTTTCAAAATGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGt < 1:1513668/91‑1 (MQ=255) gACTTGTAGGCGTTGAGGTGTTTGTTTCAAAATGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAACTATATTTGTCa < 1:2399610/91‑1 (MQ=255) 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tGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAg < 1:2212985/91‑1 (MQ=255) tGTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAg < 1:2169027/91‑1 (MQ=255) gTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAgg > 2:356139/1‑91 (MQ=255) gTCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAgg > 2:502494/1‑91 (MQ=255) tCATACATAGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGa > 2:3024219/1‑91 (MQ=255) atacataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGt < 1:3508260/91‑1 (MQ=255) tacataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAACGAGtt > 2:3139407/1‑91 (MQ=255) acataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGTTg < 1:3576689/91‑1 (MQ=255) acataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGTTg < 1:209306/91‑1 (MQ=255) acataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGTTg < 1:3578217/91‑1 (MQ=255) acataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGTTg < 2:3408749/91‑1 (MQ=255) acataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGACTTg > 1:3009575/1‑91 (MQ=255) cataGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGTTGa > 1:2952792/1‑91 (MQ=255) taGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCCTTTACCGTGTAATTAAGGAGTTGATg > 1:1287332/1‑91 (MQ=255) taGGTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGTTGATg < 1:1982603/91‑1 (MQ=255) ggTGGATAATCATATTTTTTGGTGTAGATTTGACAAATATAGTTGTCAAAAAGACGCATATCATTTACAGTGTAATTAAGGAGTTGATGCg > 1:1125330/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |