| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 413,758 | G→A | 5.7% | I167I (ATC→ATT) | metI ← | Cystathionine gamma‑synthase/O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 413,758 | 0 | G | A | 5.7% | 731.7 / 18.9 | 222 | I167I (ATC→ATT) | metI | Cystathionine gamma‑synthase/O‑acetylhomoserine (thiol)‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (114/94); new base A (6/7); total (121/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |